In 1050 verhuisde de Paulusabdij van de Hohorst bij Amersfoort naar Utrecht. Een eerder door Willibrord gesticht klooster bestond niet meer en de nieuwe Paulusabdij was het enige klooster in de stad. Het duurde een halve eeuw voor er nog meer kloosters bij kwamen. Het klooster van de Johannieters werd kort na 1100 bij Vredenburg aan Sint Catharina gewijd. Rond 1121 werd bij Oostbroek de Sint Laurensabdij gesticht, oorspronkelijk als een dubbelklooster. Mannen en vrouwen leefden er bij elkaar, maar de nonnen kregen al na korte tijd een eigen convent, het Vrouwenklooster bij De Bilt.
In 1135 stichtte vrouwe Mechtild, de weduwe van de Utrechtse burggraaf Arnold ook een vrouwenklooster, in Oudwijk. Deze kloosters volgden de leefregel van Benedictus. Deze middeleeuwse kloosterling had bepaald dat monniken drie geloften moesten afleggen: armoede, gehoorzaamheid en kuisheid.
Vanaf het begin van de dertiende eeuw groeide het aantal kloosters in en rond de stad sterk. In eerste instantie ging het om kloosters voor adellijke dames, maar ook de bedelorden kregen al snel voet aan de grond. Later ontwikkelden diverse kloosters zich uit gasthuizen en groepen begijnen. Dit waren mensen die niet alle kloostergeloften aflegden, maar wel zoals monniken en nonnen bij elkaar leefden. Voorbeelden van zulke kloosters zijn het Ceciliaconvent, het Agnietenklooster en het Brigittenklooster.
De Reformatie betekende het einde van het kloosterleven in Utrecht. In 1580 werd de openlijke uitoefening van de katholieke godsdienst verboden. De Minrebroeders en de Predikheren hadden hun kloosters toen al verlaten. De nonnen werden niet verdreven uit hun kloosters, maar er kwamen geen nieuwe kloosterlingen bij. Zo 'stierven' de conventen vanzelf uit. Sommige kloostergebouwen werden hergebruikt, zoals het Regulierenklooster dat tot 1926 in gebruik was als Burgerweeshuis. Het merendeel van de kloostergebouwen werd gesloopt of viel ten prooi aan langzaam verval.
