Voor velen is de Beeldenstorm hét begin van de Reformatie. In Utrecht is echter geen sprake van één beeldenstorm. Op zeker drie momenten sloeg de vlam in de pan en moesten beelden en andere elementen uit kerkinterieurs het ontgelden. Het duurde maar liefst veertien jaar voordat de stad was getransformeerd van bisschopsstad met een overwegend rooms-katholieke bevolking tot een bolwerk van calvinisme.
Op 15 augustus 1566 vond de eerste hagenpreek op Utrechts grondgebied plaats. Toen het nieuws van de Beeldenstormen in Vlaanderen en Brabant tot de mensen in Utrecht bekend werd, drong tussen en 23 en 25 augustus ook hier een woedende menigte kerken binnen om beelden te breken. Vooral de parochiekerken en kloosterkerken van de strengste kettervervolgers kregen het zwaar te verduren. Na onderhandelingen stond het stadsbestuur de Jacobikerk af aan de calvinisten, zodat zij voortaan een eigen Godshuis hadden.
Binnen een maand werd dit besluit teruggedraaid door de landvoogdes, die namens de Spaanse koning de Nederlanden bestuurde. Toen haar opvolger, de hertog van Alva, in 1568 naar Utrecht kwam, werd de situatie grimmiger. Alle betrokkenen bij de Beeldenstorm van 1566 werden opgespoord. 220 mensen werden veroordeeld en 65 van hen geëxecuteerd. Deze wraakactie kwam hard aan. Samen met de gehate belastingmaatregelen en de inkwartiering van Spaanse soldaten leidde dit tot een groeiende anti-Spaanse houding onder Utrechters.
De situatie verbeterde enigszins met het vertrek van Spaanse troepen, na het beleg van de Vredenburg in 1577. Lange tijd schipperde de stad tussen belangen van calvinisten en de katholieke meerderheid. In de Jacobikerk ging pastoor Duifhuis gereformeerd preken. In 1579 namen de spanningen toe. Op 11 juni van dat jaar barstte een nieuwe Beeldenstorm los, waarna de calvinisten meer kerken tot hun beschikking kregen.
De opstand kwam in een versnelling toen de stadhouder van Friesland, Groningen, Drenthe en Overijssel zich weer bij de Spanjaarden aansloot. Dit 'verraad' was de druppel die de emmer deed overlopen. In een derde Beeldenstorm op 7 maart 1580 moest ook de Domkerk het ontgelden. De druk op de Raad werd steeds groter en op 18 juni 1580 werd het verbod tot uitoefening van de katholieke godsdienst voorgelezen vanaf het stadhuis.
Wat er nog aan beelden en versieringen was in de kerkgebouwen werd vervolgens verwijderd of weggewerkt; een extra Beeldenstorm dus. Het nog altijd aanzienlijke katholieke deel van de bevolking was voortaan aangewezen op schuilkerken. Veel later bleek dat niet alle beelden waren vernield: een aantal is inmiddels weer op zijn oude plek teruggekeerd.
