Met de opkomst van de Zaanse handel en scheepvaart in de 15de en 16de eeuw kwam ook de scheepsbouw op. Door de hele streek verspreid lagen scheepswerven. Deze kleine boerenwerfjes konden moeilijk concurreren met werven uit de steden. Dit veranderde met de uitvinding van de houtzaagmolen. Zagen met een molen was goedkoper en ging sneller dan zagen met de hand. In de steden waar ook scheepswerven lagen (Amsterdam, Hoorn, Enkhuizen, Edam) hielden de houtzagersgilden de bouw van houtzaagmolens echter tegen. De houtzagers, die met de hand zaagden, waren bang door de molens hun werk te verliezen. De Zaanstreek was platteland en daar bestonden geen gilden. Hier werden dan ook veel houtzaagmolens gebouwd. Door het goedkope hout van deze molens waren Zaanse werven ook goedkoper. Binnen twintig jaar hadden de Zaanse scheepsbouwers de meeste werven uit de steden weggeconcurreerd.
In Zaandam, langs de Zaan (ten noorden van de dam) en in de Voorzaan (ten zuiden van de dam) lagen de meeste scheepswerven. Hier hadden ze makkelijk toegang tot het IJ, een wat dieper vaarwater dat toegang gaf tot Amsterdam en de Zuiderzee (het huidige IJsselmeer). Ook de ankersmederijen lagen rond de dam zodat de zware ankers direct aan boord van de schepen gebracht konden worden. In het veld direct achter de werven stonden de meeste van de ruim 300 houtzaagmolens. Via de sloten konden de grote hoeveelheden zware houten balken en planken over niet al te grote afstand vanaf de molens naar de scheepswerven worden gevaren.
Verder weg, in het noorden bij Krommenie, Assendelft en Wormer, stonden de zeildoekweverijen en de hennepkloppers, de windmolens die het hennep voor het zeildoek bewerkten. In Wormer en Jisp waren ook de scheepsbeschuitbakkerijen te vinden en de meelmolens die het meel voor het scheepsbeschuit maalden. Deze wat lichtere en kleinere producten werden eveneens via het water naar de scheepswerven gebracht. Dat de afstand naar de werven flink grote was, was geen probleem: zeildoek en scheepbeschuit waren niet zo groot en zwaar.
De Zaanse werven waren niet alleen goedkoop omdat er windmolens werden gebruikt, maar ook omdat de lonen op het platteland laag waren en omdat de werven waren gebouwd van afvalhout. Tijdens archeologisch onderzoek naar de scheepswerven aan de Hogendijk in Zaandam bleek dat voor de bouw van deze werfhellingen en loodsen hout van gesloopte schepen was gebruikt - lekker goedkoop. De VOC-werf in Amsterdam was van nieuw - en dus duurder - hout gemaakt.
Het hoogtepunt van de Zaanse scheepbouw lag rond 1700-1730 toen vanaf 26 werven jaarlijks zo'n 100 tot 150 zeegaande schepen van stapel liepen. Het is dan ook niet verwonderlijk dat tsaar Peter de Grote in 1697 naar Zaandam kwam om de scheepsbouw te leren. Door concurrentie uit het buitenland en de teruggang van de Nederlandse scheepvaart nam aantal scheepswerven langzaam af, van 23 in 1750 tot slechts twee of drie in 1794.
In de tweede helft van de 19de eeuw, met de nieuwe opbloei van de Nederlandse economie, waren er in de Zaanstreek weer enige werven te vinden waar zeegaande schepen werden gebouwd. De Zaanstreek zou echter nooit meer het scheepsbouwcentrum van Europa worden, zoals dat rond 1700 het geval was.
