Nadat het stadsbestuur in 1580 de katholieke eredienst had verboden, waren de kerkgebouwen onteigend. Samenkomsten waar de mis werd opgedragen, werden verboden. Toch ontdoken veel gelovigen dit verbod, lang niet iedereen ging over naar het protestantisme.
Veel katholieken kwamen clandestien samen in de huizen van rijkere geloofsgenoten. Die richtten daarvoor een speciale ruimte in en zorgden ook voor vluchtwegen.
Ook voormalige kloosterkapellen werden voor deze geheime missen gebruikt, zoals het Agnietenklooster, het Jeruzalemklooster en de Servaasabdij. Als iemand een klacht indiende over zo'n samenkomst, kwam de schout langs. Als de overtreders gepakt werden, kregen zij een boete. Katholieken werden namelijk gezien als aanhangers van de Spanjaarden en met hen waren de Lage Landen in oorlog. In 1608 kreeg de schout twee extra manschappen, speciaal om katholieke samenkomsten te verstoren.
Na verloop van tijd werden schuilkerken ingericht. Een groep katholieken kocht een groot huis dat werd ingericht als kerk maar vanaf de straat niet als zodanig herkenbaar was. De eerste schuilkerken kregen de namen van de oude parochies. Sint Gertrudis in de Mariahoek was genoemd naar de Geertekerk. Maria Minor in Achter Clarenburg droeg de naam van de patrones van de Buurkerk. Sint Nicolaas Achter de Wal bij de Lolle- of Cellebroedersstraat was genoemd naar de Klaaskerk en Sint Jacobus in het Drakenburgsteegje was genoemd naar de Jacobikerk.
Sasbout Vosmeer coördineerde, vanaf 1585 als plaatsvervanger (vicaris-generaal) van de Utrechtse aartsbisschop en vanaf 1592 als apostolisch vicaris, de ontwikkeling van de staties, de missieposten, in de schuilkerken. Zijn opvolger, Philippus Rovenius, stichtte de statie van Sint Maria op de Kamp.
Ongeveer een derde van de Utrechtse bevolking bleef katholiek. In de achttiende eeuw ontstonden meer schuilkerken, zoals de Sint Martinus aan de Oudegracht en de Herenstraatkerk. De scherpe kantjes van de onderdrukking verdwenen wat. De katholieke schuilkerken werden gedoogd, zolang zij maar niet vanaf de straat als kerk herkenbaar waren. De pastoors betaalden een jaarlijkse 'recognitie' aan het stadsbestuur.
