In 1636 werd de Utrechtse stedelijke universiteit opgericht. Twee jaar eerder besloot het stadsbestuur al tot oprichting van een Illustere School. Deze kende aanvankelijk drie faculteiten: een filosofische, een juridische en een theologische. De school kreeg onderdak bij het Domplein in de kapittelzaal, die voor de nieuwe functie in tweeën werd gedeeld.
De Illustere School trok veel studenten en al snel gaven de Utrechtse Staten toestemming de school te verheffen tot universiteit. Toen werd een vierde, medische faculteit toegevoegd. Voortaan waren de hoogleraren bevoegd academische graden te verlenen en diploma's uit te reiken.
De nieuwe Universiteit kreeg de beschikking over de
stadsbibliotheek die gehuisvest was in de Janskerk. Deze
bibliotheek was ontstaan toen tijdens de Reformatie de
boekencollecties van kerken en kloosters door het stadsbestuur in
beslag waren genomen. Daarnaast kreeg de universiteit in 1639 een
hortus botanicus. Deze tuin bevatte een groot aantal planten
met een geneeskrachtige werking en was vooral van belang voor de
medische faculteit. In 1642 werd bovendien de Smeetoren aan de
Plomptetorengracht in gericht als astronomisch observatorium.
De universiteit werd niet alleen geïnitieerd en gefinancierd, maar
ook bestuurd door de stad Utrecht. Het stedelijk bestuur benoemde
de hoogleraren en de rector magnificus. De eerste rector magnificus
was Gijsbert Voetius. Met
name de benoeming van hoogleraren theologie leidde niet zelden tot
felle discussies. Op de theologische faculteit werden toekomstige
predikanten opgeleid. Vooral de gereformeerde kerkenraad was het
daarom van belang dat hoogleraren van de 'juiste', rechtzinnige
signatuur waren.
In 1636 had de universiteit zeven hoogleraren, die samen de senaat vormden. Deze senaat besliste over examens en promoties en adviseerde het stadsbestuur over de benoeming van hoogleraren. De hoogleraren werden verplicht om openbare, gratis toegankelijke colleges te verzorgen. Het meeste onderwijs werd echter gegeven in de vorm van privaatcolleges. Tegen betaling volgden de (bijna uitsluitend mannelijke) studenten colleges bij de hoogleraren aan huis. Een uitzondering was Anna Maria van Schurman. De studenten die een collegereeks hadden gevolgd kregen, zonder tentamen te hoeven doen, een testimonium van de hoogleraar.
