Kanunnik Johannes Wachtelaar organiseerde de eerste schuilkerk in de Mariahoek. De samenkomsten waren in het choraalhuis, Mariahoek 16-17 (later Aalmoezenierskamer). Later, rond 1640, werd een claustraal huis in gebruik genomen. Dit werd de Gertrudiskapel. Door het uitbreken van de tussenmuren en plafonds werd de ruimte groot genoeg om de katholieke parochianen te herbergen, die voorheen in de Geertekerk de mis bijwoonden. Aan het einde van de zeventiende eeuw werden in de ruimte galerijen gebouwd. De schilderijen en altaarstukken in de kapel zijn geschilderd in de stijl van de Utrechtse Caravaggisten. Johannes Wachtelaar werd als priester opgevolgd door Abraham van Brienen. Van 1683 tot 1689 was Petrus Codde hier pastoor. Hij werd later apostolisch vicaris, tot hij in 1704 door de paus werd afgezet. Vanaf 1723 was de Gertrudiskapel in gebruik bij de Oud-katholieke Kerk, een afsplitsing van de Rooms-katholieke Kerk. De kapel was tot 1914 in gebruik. In dat jaar werd haar taak overgenomen door de nieuwgebouwde Gertrudiskerk, direct naast de kapel.