De kerk van Hoogeveen was in de 17e en de 18e eeuw niet zelfstandig. De kerk stond onder toezicht van de familie Van Echten, de Compagnie van de 5000 Morgen en Ridderschap en Eigenerfden van Drenthe. Na de Franse Tijd veranderde er aanvankelijk niet zoveel. Kerk en staat waren formeel gescheiden, maar in Hoogeveen bleef de Compagnie in de kerk oppermachtig. Inmiddels was er landelijk een Hervormde synode gevormd die veel invloed had.
Van een echte eenheid binnen de 18e eeuwse Hoogeveense kerk was geen sprake. Het kwam niet tot een breuk, omdat de Landschap Drenthe daar nauwkeurig op toezag. Wie los van de kerk samenkomsten hield werd al snel gestraft. Een enkele keer waren er 'conventikels' - godsdienstige samenkomsten - die dan ook direct weer moesten stoppen. De samenkomsten werden gehouden door mensen die moeite hadden met de diensten van de 'gewone' kerk. In 1685 kregen Lutherse inwoners van Hoogeveen de vrijheid om een eigen gemeente te gaan vormen. Dit alles leidde niet tot eigen kerken omdat de activiteiten verliepen.
De Afscheiding van 1834 werd de voorloper van de Gereformeerde Kerken in Nederland. Deze Afscheiding bracht heel wat teweeg. In de gemeente Hoogeveen werd een Afgescheiden Gemeente gesticht op 25 maart 1835. De gemeente werd gesticht in de buitengebieden, in de woningen van de Albert Gort (Noord) en Hendrik Roelofs Klinkien (31e wijk, bij Hollandscheveld).
Het kerkgebouw van de Afgescheidenen verrees in het hoofddorp Hoogeveen. Er was een drempel genomen en er was tevens sprake van een emancipatiebeweging, waarbij een deel van de arbeiders- en schippersbevolking het godsdienstige recht in eigen hand nam. De Hervormde Gemeente had aanvankelijk een zeer terughoudend beleid ten aanzien van godsdienstige samenkomsten in de velden. De Afgescheidenen stonden dat volop toe. Overal waar gelovigen woonden kwam men bij elkaar.
Dit bespoedigde het stichten van een Hervormde Gemeente in het Hollandsche Veld en de stichting van een Gereformeerde Kerk aldaar. De Hervormde Gemeente van Hollandscheveld was al snel actief aan de grenzen en bevorderde evangelisatiegemeenten. Afgescheidenen onder de naam van Kruisgezinden stichtten een kerkje in Elim. Ook de Hervormden emancipeerden: na een proces tegen de Compagnie van de 5000 Morgen werd de kerk eigendom van de Hervormde Gemeente.
De Afscheiding van 1835 was dan ook een signaal, een begin van een proces waarin kerkgenootschappen kleiner werden en mensen ervoor gingen kiezen naar eigen kerken te gaan. De afscheiding van 1835 bracht een blijvend proces op gang. Dat ging in de 20e eeuw gewoon door. Vooral nadat er in december 1930 in Hollandscheveld een Maranathaconferentie werd gehouden. Nieuwe godsdienstige inzichten brachten nieuwe gemeenten en nieuwe samenkomsten. In Hoogeveen, waar men al zo gewend was om op godsdienstig gebied eigen groepen te vormen, kreeg bijna iedere landelijke stroming een onderafdeling.
De Joodse gemeenschap kwam in het midden van de achttiende eeuw al bij elkaar. We weten alleen niet precies waar. In 1799 werd met de bouw van een eigen synagoge begonnen.