Hoogeveen was aanvankelijk in bestuurlijk opzicht een grote lappendeken. Deels hoorde het bij Zuidwolde en viel het ook onder de schulte van Zuidwolde. Deels was er sprake van Echtens-Hoogeveen, met ook een eigen schulte. De oostelijke venen vielen onder de schulte van Meppen en Gees, maar werden al in de 17e eeuw opge-nomen in Echtens-Hoogeveen. Het noordelijke deel van het dorp viel onder Pesse. Los van de schulten werd veel invloed uitgeoefend door rentmeesters van de diverse compagnieën. Vooral de rentmeester van de Hollandse Compagnie had veel invloed.
Zuidwoldiger-Hoogeveen viel grotendeels rechtstreeks onder Ridderschap en Eigenerfden van Drenthe. Echtens-Hoogeveen had een eigen rechtspraak die ook enige jaren gold in sommige delen van Zuidwoldiger-Hoogeveen. Dit als deel van de Heerlijkheid Echtens-Hoogeveen. Deze ontstond doordat de Van Echtens in de 17e eeuw rechten naar zich toe hadden getrokken. In 1795 werd de Heerlijkheid Echtens-Hoogeveen opgeheven. Heel Hoogeveen viel vanaf dat moment rechtstreeks onder de rechtspraak van Drenthe.
In 1803 werd het Pesserveld bij Hoogeveen gevoegd. In 1811 werden de schultambten Echtens-Hoogeveen en Zuidwoldiger-Hoogeveen ook nog opgeheven. De Franse Gemeentewet van 1811 maakte van Hoogeveen voor het eerst één geheel met één maire, de voorloper van de huidige burgemeester. De eerste maire en burgemeester van Hoogeveen heette Abraham Meijer.