Aan het eind van de middeleeuwen groeide binnen de rooms-katholieke kerk het verzet tegen de heersende leer. Thema's als het sacrament van de mis en de beeldenverering waren al onderwerp van gesprek binnen de Aduarder Kring, die rond 1480 bijeenkwam in klooster Aduard. De avondmaalsleer van de Groninger Wessel Gansfort vond gehoor bij de Zwitser Zwingli, die in 1525 aan de wieg stond van de doperse beweging. De wederdopers verspreidden zich over geheel Europa en werden dikwijls streng vervolgd.
Ook in Noord-Nederland kreeg de beweging veel aanhangers.
Halverwege de 16e eeuw speelde het Westerkwartier een grote rol in een conflict tussen verschillende groepen doopsgezinden over de leer. Groningen en Friesland hadden ruimhartig vele doopsgezinde Vlamingen opgenomen, die uit de Zuidelijke Nederlanden waren gevlucht. De verschillende opvattingen over de gang van zaken binnen de gemeenten leidde echter tot conflicten tussen met name de liberale Friezen en de conservatieve Vlamingen. De geloofskwestie leidde tot scheuringen in dorpen en families. In het Westerkwartier werd een tijdelijke vrede gesloten, de zogenoemde Humstervrede. De onenigheid tussen de Friezen en de Vlamingen, ieder met hun eigen aanhang, bleef tot ver in de zeventiende eeuw bestaan.
Veel gegevens over de doperse beweging in Groningen in de tweede helft van de 16e eeuw zijn vastgelegd in het notitieboek met dooplijsten van Leenaert Bouwens (1515-1582) van Sommelsdijk uit Overflakkee. Deze rondreizende prediker doopte meer dan tienduizend personen en hield daarvan een nauwkeurige administratie bij. Vanuit zijn woonplaats Emden reisde hij in Ost-Friesland, Groningen, Friesland en Holland, waarbij bij ondermeer in het Westerkwartier de aanzet gaf tot de vorming van nieuwe gemeenten. Hij meldde dopelingen in Ezinge, Grijpskerk, Visvliet, Niehove, Noordhorn en Hoogkerk.
In Groningen werden de Wederdopers aanvankelijk geduld. Na de Reductie van Groningen in 1594 veranderde deze houding. Voortaan mocht alleen de gereformeerde godsdienst worden beleden. In 1601 bepaalde de Groningse overheid dat er boetes stonden op het houden van bijeenkomsten en dat wederdopers geen openbare ambten mochten bekleden. In 1618 werd hen ook verboden boeken te drukken. In de loop van de 17e eeuw werden de wederdopers weer gedoogd. Het aantal doopsgezinden breidde gestaag uit, ook door de komst van gelijkgestemden die waren gevlucht uit andere delen van Europa. Tijdens een grote hulpactie aan het begin van de 18e eeuw boden doperse Groningers een aanzienlijk aantal onderdrukte Zwitsers onderdak.
Het Westerkwartier kende in de 17e eeuw doopsgezinde samenkomsten in Niehove, Den Horn, Gaaikemaweer, Humsterland (tussen Oldehove en Den Ham), Pieterzijl en Grijpskerk. In de omgeving van Den Horn kwamen de Doopsgezinden aanvankelijk samen in boerderijen. In 1735 mocht de eerste 'vermaning' (kerk) worden gebouwd, mits niet herkenbaar als gebedshuis. In 1861 lieten de doopsgezinden een nieuwe vermaning neerzetten, die tot 1968 in gebruik was. Daarna deed het gebouw jaren dienst als timmerwerkplaats.