De stad Utrecht was via de Kromme Rijn verbonden met de Nederrijn en Duitsland (niet voor niets heette deze route de Keulse Vaart) en aan de andere zijde via de Vecht met de Zuiderzee en Noord-Europa. Hoe belangrijk deze waterwegen waren, bleek wel uit de centrale rol die een handelsplaats als Dorestad in de middeleeuwen speelde. De Kromme Rijn begon echter bij Wijk bij Duurstede te verzanden. De Utrechtse bisschop vatte toen het plan op, daar een dam in de rivier te leggen. Zo konden de waterstanden in het moerasgebied tussen Wijk en Utrecht worden beheerst en daarmee deze gronden worden ontgonnen.
Dit 'lange broek' werd inderdaad een vruchtbaar landbouwgebied, maar de stad Utrecht was zijn verbinding met het oosten kwijt. Daarom wist zij van de bisschop toestemming te verkrijgen om via een kanaal weer een waterverbinding met de Lek aan te leggen: de Nieuwe Vaart, later de Vaartse Rijn geheten. Dit kanaal werd recht naar het zuiden gegraven, via een aantal ontginningsweteringen naar de Hollandse IJssel.
Toen echter de Hollandse IJssel eveneens begon te verlanden en de Hollandse graaf Floris V bij het Klaphek een dam in de rivier legde, groef men een kanaal wat meer oostwaarts om zo bij Vreeswijk de Lek te bereiken. Het dorpje Vreeswijk werd verplaatst naar het sluizencomplex, dat de overgang van de Lek naar het nieuwe kanaal moest regelen. De Vaartse Rijn was van levensbelang voor de stad Utrecht en daarom werd Vreeswijk ook eigendom van de stad. In de buurt werd een versterkt 'blokhuis' aangelegd, om in tijden van oorlog dit bezit te kunnen verdedigen. Blokhuizen konden eenvoudige houten versterkingen zijn, maar soms waren het heuse kastelen.
Langs de Vaartse Rijn ontstond bedrijvigheid. Naast scheepswerfjes ook zaagmolens en steen- en pannenbakkerijen. Langs het water werd een aantal kastelen gebouwd en ook de ontginningsweteringen die uitmondden in de Vaartse Rijn waren geliefd als plek om woontorens te bouwen. Later werd een aantal van deze kastelen tot buitenplaats omgevormd.
De Vaartse Rijn bleef een belangrijke waterweg en vormde met de Vecht de doorlopende route van Amsterdam naar Keulen. Pas in de negentiende eeuw namen het Merwedekanaal, dat voor een deel parallel loopt aan het tracé van de Vaartse Rijn, en later het Amsterdam-Rijnkanaal, deze functie over.
