In 1858 opende het Gasthuis voor Behoeftige en Minvermogende Ooglijders aan de Wijde Begijnenstraat zijn deuren. Mensen kwamen van heinde en verre om zich door Utrechts beroemde oogheelkundige, hoogleraar F.C. Donders, te laten behandelen.
Het Ooglijdersgasthuis was misschien het bekendste maar niet het enige instituut van de medische faculteit dat na 1850 verrees. Deze afdeling van de Utrechtse Universiteit nam in de tweede helft van de negentiende eeuw een grote vlucht. Onder aanvoering van hoogleraren als F.C. Donders professionaliseerde de medische wetenschap in deze tijd. Steeds meer werd het belang van toegepast onderzoek onderkend.
Dat was vroeger wel anders. Rond 1800 richtte het universitair onderwijs zich vooral op brede en morele vorming van studenten. Hierbij stonden met name de humaniora en de klassieke Oudheid centraal, en was er nauwelijks aandacht voor wetenschappelijk onderzoek. Steeds meer hoogleraren zagen echter het belang van natuurwetenschappelijke proeven en toegepast onderzoek. Het medisch experiment kwam centraal te staan.
Dat leidde ook tot specialisatie van hoogleraren. Bij hun aanstelling kregen ze een duidelijk omschreven leeropdracht. Zo werden hoogleraren vanaf 1876 niet meer in een faculteit (de letteren, of wis- en natuurkunde) maar in een vakgebied (bijvoorbeeld oogheelkunde of farmacie) benoemd.
Die specialisatie werd ook zichtbaar in de oprichting van nieuwe ziekenhuizen, klinieken en onderzoekslaboratoria. In 1872 werd aan de Catharijnesingel het Stads- en Academisch Ziekenhuis gebouwd, in 1888 het Wilhelmina Kinderziekenhuis en na 1900 zouden onder andere de Psychiatrische Kliniek en het Pharmacologisch Instituut erbij komen. In een eeuw tijd was de medische faculteit gegroeid van twaalf bedden in 1817 naar ruim 3000 in 1910.
