Het huis werd in 1505 gebouwd door Jan de Huyter, die zowel deel uitmaakte van het stadsbestuur als van het bestuur van Delfland. Daarnaast had hij de inning gepacht van de accijnzen op hop. Het leverde hem zoveel geld op dat hij niet alleen het huis na de stadsbrand van 1536 kon laten herbouwen, maar ook geld kon lenen aan Karel V, die er bij een bezoek aan Delft logeerde. Omdat zijn kleinzoon Jan de Huyter een fanatiek katholiek was en in 1572 vluchtte, werd het huis in 1573 staatseigendom. Het werd de zetel van het Hof van Holland, de hoogste rechtbank van de Republiek. In 1583 werd het huis eigendom van Philips, graaf van Hohenlohe, de echtgenoot van Maria, de oudste dochter van Willem van Oranje. Het Hoogheemraadschap van Delfland kocht het pand in 1645 om dienst te doen als woning voor de secretaris, kantoor voor de penningmeester en archiefruimte. Tot die tijd was het archief opgeborgen in de toren van de Oude Kerk. Bij de stadsbrand was die redelijk gespaard gebleven en daarmee ook het archief van het Hoogheemraadschap.
Het Hoogheemraadschap was in 1289 opgericht om het waterbeheer te regelen in een groot gebied rondom Delft, inclusief Den Haag, Vlaardingen en Schiedam. Dat betekende zorg voor de afwatering van de polders en het op peil houden van het water in sloten, grachten en boezems. Daarnaast was een belangrijke taak de bescherming van het gebied tegen de Noordzee en de rivier de Maas. Daartoe moesten duinen op sterkte worden gehouden en kaden en dijken worden aangelegd. Het dagelijks bestuur van het Hoogheemraadschap was in handen van de dijkgraaf en de hoogheemraden. Het waterschap kreeg het recht keuren (wetten) te maken en belasting te innen bij de belanghebbenden. Het werd een overheidsorgaan naast de stedelijke overheid.
De verhouding tussen Delft en Delfland was niet ideaal. Dat kwam doordat de stadsrechten, verleend door graaf Willem II in 1246, botsten met de rechten van Delfland. Delfland verwierf van graaf Floris V in 1289 ook het recht van wetgeving, rechtspraak en ordehandhaving, maar dan voor het waterbeheer. Zo had Delfland bijvoorbeeld zeggenschap over het water binnen de stad Delft. Het leidde tot conflicten die pas rond 1600 tot een oplossing kwamen. De dijkgraaf werd oorspronkelijk benoemd door de graaf. Tijdens de Republiek (1588-1795) gebeurde dit door de Staten van Holland. Eeuwenlang bleven de taken van Delfland vrijwel ongewijzigd.
Pas in 1970 kregen de waterschappen er een nieuwe taak bij: waterzuivering. Een belangrijke wijziging was de Waterstaatswet van 1991 die bepaalde dat het water binnen Delft onder het gezag van Delfland viel. De eerste algemene verkiezing van het Waterbestuur in 1995 hield niet alleen democratisering in maar, minstens zo ingrijpend, het meebetalen door iedere stemgerechtigde burger. Dit was nodig wilde Delfland zijn verantwoordelijkheid waar kunnen maken jegens zijn anderhalf miljoen inwoners, die voor een groot deel beneden de zeespiegel wonen. Het Gemeenlandshuis doet tot op de dag van vandaag dienst als zetel van het Hoogheemraadschap van Delfland.
