In 1980 is de restauratie van het schip van de Sint-Jan eindelijk voltooid. Het is het einde van een lange periode van herstelwerkzaamheden die aan het begin van de jaren zestig begint. Alles bij elkaar heeft het herstel van de kerk dan ongeveer zesentwintig miljoen euro gekost, een ongekend groot bedrag. Hoe is het zo gekomen?
In november 1963 valt er een brok natuursteen van de toren van de Sint-Jan op de straat. Nog niet zo lang geleden is dan een eerdere restauratie voltooid, al is het restaureren van de Sint-Jan een doorlopend proces. Daarvoor was in hetzelfde jaar een console naar beneden gevallen, een uitstekend en vaak versierd onderdeel dat ook belangrijk is voor de constructie van het gebouw. Namens Monumentenzorg komt er iemand kijken hoe het met het houtwerk in de kap van de kerk gesteld is. Zijn rapport is niet rooskleurig. Het blijkt dat het hout in zo’n slechte staat is, dat er maatregelen getroffen moeten worden voor de veiligheid van de kerkgangers. De steen die uit de toren naar beneden valt, opent de ogen voor de staat waarin de kerk verkeert en laat zien dat de restauratieplannen misschien wat achterhaald zijn.
Niet alleen de toren bevindt zich in een gammele staat, in juni 1965 valt er ook een stuk steen uit glas 37, dat in de lichtbeuk te vinden is, het hoogste gedeelte van het middenschip. Het blijkt treurig gesteld te zijn met de houtconstructie die de lichtbeuk draagt. Grote delen van de constructie zijn verrot en de muurplaten zitten los. Om de herstelwerkzaamheden zo snel mogelijk op te starten plaatst men een grote steiger in het schip. Het wordt daardoor wel wat donkerder in de kerk, maar de kerkdiensten kunnen doorgaan; iets wat belangrijk is voor het kerkbestuur.
Enkele jaren later doet een nieuw probleem zich voor. Er groeit een paddenstoelensoort in het houtwerk van de Sint-Jan dat de constructie van de kerk ernstig aantast. In eerste instantie groeit deze zwam maar op een paar plekken, maar in 1969 blijken de paddenstoelen op veel meer plekken in de Sint-Jan te groeien. Deze paddenstoel is gevaarlijk voor de stabiliteit van het gebouw, omdat de schimmeldraden zich uitstrekken in het hout en zelfs in steen. Naast paddenstoelen zorgt ook een bepaalde knaagkever voor problemen, doordat deze keversoort aan het hout knaagt, waardoor de constructie verzwakt.
Niet alleen aan de dakconstructie wordt gebouwd, ook de fundering moet hersteld worden. Sommige pilaren staan helemaal uit het lood en worden voorzien van een nieuwe fundering. Voor de kranten is het duidelijk: de Sint-Jan moet mogelijk sluiten.
Het is in eerste instantie moeilijk om het benodigde geld bij elkaar te krijgen om de restauratie te bekostigen. Toch lukt het om de middelen bij elkaar te brengen, al kost het de betrokken partijen heel veel tijd en moeite. In 1980 wordt de kerk feestelijk heropend door prinses Juliana, die ook al eerder is wezen kijken. Het duurt niet lang of de volgende restauratie blijkt nodig. In 2013 moet ook het koor hersteld worden.
