Wie vanaf de Markt richting de Sint-Jan loopt, ziet rechts van het monumentale stadhuis de toren van de Sint-Jan. Deze toren is niet van heinde en verre zichtbaar en is eigenlijk opvallend laag in vergelijking met het hoge schip van de kerk. Dat heeft waarschijnlijk te maken met dat de kerk in vroeger eeuwen lager is geweest, in het begin van de 15e eeuw was er bijvoorbeeld nog geen lichtbeuk boven het schip gebouwd. De belangrijkste reden is echter dat de zachte veengrond van Gouda geen hoge kerk of een hoge toren kan dragen.
De toren is voor het laatst gerestaureerd in 1964. In de eeuwen daarvoor zijn er al veel restauraties geweest. In 1350 legt men de eerste stenen voor de bouw van de toren van de Sint-Jan. Het onderste deel van de toren bevat nog steeds bouwresten, grote stenen bijvoorbeeld, uit de veertiende eeuw. In Museum Gouda staat een maquette waarop een eerdere versie van de toren te zien is. Deze toren heeft geen fraai vormgegeven spits, zoals vandaag de dag, maar een dak met een lage spits.
Uit een ooggetuigenverslag van de kerkbrand in 1552 weten we dat de toren toen grote schade heeft opgelopen. Zo is het lood gesmolten en de houten constructie verbrand, waardoor de klokken naar beneden gevallen zijn. De schade na de kerkbrand is vermoedelijk niet gelijk hersteld. In 1580 wordt namelijk in de vroedschapsvergadering gezegd dat de toren heen en weer schudt en op instorten staat. In 1582 onderneemt het stadsbestuur actie om de toren te herstellen. Het kerkbestuur betaalt een deel van de kosten.
Aan het einde van de zestiende eeuw vindt opnieuw een ingrijpende restauratie plaats. Toch blijkt ook dit niet voldoende, in 1651 is de toren weer gerestaureerd. Ondertussen smeedt men plannen om de toren af te breken en helemaal opnieuw te bouwen, maar door geldgebrek zijn die plannen nooit tot uitvoer gekomen. Na 1651 zijn er geen bewijzen meer dat de kerktoren ooit nog op instorten heeft gestaan, maar het onderhoud van de toren blijft een moeilijk dossier.
Een deel van die moeilijkheid komt doordat er onduidelijkheid is over wie de eigenaar van de toren is. In 1827 beslist het stadsbestuur dat de toren tot aan de omloop van de kerk is, omdat op die hoogte de begrafenisklokken hangen die de kerk gebruikt. Het overige deel van de toren en het carillon is van de stad. Dit houdt in dat het kerkbestuur moet betalen voor de restauratie die nodig is: zodoende raakt de torenomloop in verval.
Ook in de twintigste eeuw komt de eigendomskwestie nog regelmatig aan de orde, bijvoorbeeld bij de verzekering van de toren tegen eventuele oorlogsschade. De gemeentesecretaris probeert door historisch onderzoek vast te stellen welk deel van de toren van wie is en komt tot de conclusie dat de toren tot aan de houten opbouw en de luidklokken eigendom zijn van de kerk. In 1946 moest de torenspits gerestaureerd worden en wordt er opnieuw gesteggeld over het eigendom van de toren. Over het restaureren van de toren is het laatste woord nog niet gezegd. Inmiddels staat de toren een paar centimeter uit het lood en lijkt een nieuwe restauratie onvermijdelijk.
