De oorlog heeft Borne beslist niet onberoerd gelaten. Binnen enkele uren na het begin van de oorlog op 10 mei 1940 waren de Duitsers al in het dorp en pas laat in de avond van 4 april 1945 hadden soldaten van het Engelse Dorset Regiment het dorp van de Duitsers bevrijd. In die tussentijd kende Borne ontberingen, oorlogshandelingen, bombardementen, Duitse terreurdaden, verzet, en jodenvervolging.
Ontberingen
De ontberingen bestonden voornamelijk uit gebrek aan voedsel, kleding en energie. Bonkaarten voor de bevolking moest de ellende enigszins eerlijk verdelen. Borne is drie keer gebombardeerd, waarbij gelukkig relatief weinig doden en gewonden vielen, maar wel erg veel materiële schade werd toegebracht. Zes geallieerde en Duitse vliegtuigen zijn hier neergestort; zowel militaire als burgerslachtoffers waren te betreuren. Een Amerikaanse bommenwerper maakte een noodlanding, gelukkig vielen er toen geen slachtoffers. Bij café Platenkamp aan de Bornerbroeksestraat werd een V1 lanceerinstallatie opgesteld, andere stonden in het Nijreesbos bij Almelo. Bedrijfszeker was de lanceerinrichting niet, zeker vijf vielen in de naaste omgeving neer en verwoestten boerderijen.
Verzet en slachtoffers
Verzet was er ook: tientallen personen hielden zich ermee bezig. Zij verzorgden onderduikers, verborgen gedropte wapens, boden hulp aan geallieerde piloten, pleegde sabotageacties en gaven militaire inlichtingen door. Een aantal verzetshelden is gedood. Voor zover bekend zijn 61 mensen, onder wie acht bemanningsleden van geallieerde vliegtuigen, uit Borne om het leven gekomen. Niet inbegrepen zijn gesneuvelde Duitse soldaten. Eén verzetsgroep wordt nader beschreven.
Bornse verzet op de Lidwinahoeve
Het verzet tegen de Duitsers concentreerde zich in de zomer van 1944 in rusthuis de Lidwinahoeve aan de Lidwinaweg te Zenderen. Men steunde onderduikers en vormde een knokploeg om aan distributiebescheiden en persoonsbewijzen te komen. Vanaf 1943 voerden Twentse knokploegen vele overvallen succesvol uit. In 1944 verschool de Twentse groep onder leiding van Cor Hilbrink zich in de Lidwinahoeve. Door verraad van de verloofde van kaptein A.F. Lancker, die tegen zijn zin een ondergeschikte was bij de knokploeg, vielen Duitsers op 23 september 1944 de Lidwinahoeve binnen. De groep was juist bezig de hoeve te ontruimen. Cor zelf was net met zijn vrouw op weg naar Zenderen en hij moest machteloos toekijken hoe zijn vader Sietse, zijn broer Coen, medeleden als Daan Hillenaar, Dick Ruiter, Michiel Ploeger, Koos Michel, de koeriersters Jo Krabbenbos en Mini ter Horst aangevallen werden. Sommigen konden nog even vluchten, maar werden al snel opgepakt en doodgeschoten. De dames konden aannemelijk maken dat zij "toevallig" op bezoek waren. Zij ontkwamen aan de slachtpartij. De verkoolde resten van drie slachtoffers werden na de oorlog herbegraven. Een gedenkteken aan de Lidwinaweg herinnert aan de gebeurtenis.
Joodse slachtoffers
De Joodse gemeenschap heeft het meeste geleden onder de Duitse bezetting. Al in januari 1941 kregen zij het bevel van de burgemeester om zich te laten registreren, een J in het paspoort te laten stempelen en een gele ster op de kleding te dragen. De lijst telde toen 117 personen. Uiteindelijk zijn 133 mensen vanuit Borne weggevoerd; de meesten zijn in Auschwitz (59) en in Sobibor (51) omgebracht. Aan hen herinneren de "Stolpersteinen" die voor hun voormalige woonplaatsen zijn gelegd.
Bevrijding
Kort na 5 uur op 3 april 1945 bereikten soldaten van het Dorset Regiment Borne. Het duurde tot 9 uur 's avonds voor alle overgebleven (60) Duitsers gevangen genomen waren. Bornerbroek werd door fanatiek tegenstand van de Duitsers pas 5 dagen later bevrijd. In het tussenliggende gebied werden 30 boerderijen volledig vernield en vele andere beschadigd.
