De protestanten waren verenigd in hun verlangen de kerk te veranderen. Hoe dat moest gebeuren, daarover konden ze het echter niet eens worden. In Woerden waren veel mensen aanhanger van Luther, in IJsselstein en Benschop voelden de mensen zich aangetrokken tot de doopsgezinden en elders waren veel sympathisanten van Calvijn te vinden.
Rond 1559 werd in Oudewater Jacob Hermanszoon geboren. Hij ging in Utrecht studeren en ontkwam zo aan het bloedbad in zijn geboortestad. Daarna vervolgde hij zijn opleiding aan de Leidse universiteit. Hij verlatiniseerde zijn naam tot Arminius en werd een bekend theoloog. Zijn gedachten over de bijbel en het geloof leidden er toe, dat hij afwijkende ideeën ontwikkelde over de voorbestemming.
In de Calvinistische leer, onder meer verwoord door Franciscus Gomarus, was het God die bepaalde of een mens verlost zou worden of niet. Gomarus werd in 1563 in Brugge geboren en werd predikant van de naar Frankfurt gevluchte Nederlandse protestanten. Daar werd hij door fanatieke lutheranen verjaagd en kwam in Groningen terecht, waar hij hoogleraar werd. Hij was er van overtuigd dat God alles bepaalde en de mens geen invloed op diens besluiten kon uitoefenen. Dat ontsloeg de mens echter niet van zijn verantwoordelijkheid voor zijn eigen daden.
Tegen die al te grote predestinatie verzette Arminius zich. Hij vond dat de mens een keuze had, om te geloven in God of niet. Daarmee zou de verlossing, door God bepaald, op een bepaalde manier afhankelijk zijn van de vrije keuze van de individuele mens. Aanhangers van Arminius probeerden na diens dood meer ruimte te vinden binnen de bestaande gereformeerde kerk. Daartoe stuurden ze een verweerschrift, een 'remonstrantie'. Naar dit geschrift werden ze remonstranten genoemd. In 1619 werd in Dordrecht een nationale synode gehouden. Daar werd bepaald dat de leer van Gomarus de officiële kerkelijke lijn zou zijn. De Arminianen moesten zich aanpassen of zouden door de contraremonstranten worden vervolgd. Het conflict kreeg ook een politieke dimensie, omdat prins Maurits, de stadhouder, vond dat de Republiek één geloof diende te hebben. Hij koos voor de contraremonstraten. Na de ingreep van prins Maurits werden zijn aanhangers zowel in Woerden als Oudewater bevestigd. De beslissing van Maurits betekende dat aanhangers van de remonstrantse richting verjaagd werden. Een van hen was de Vleutense predikant Dirck Camphuysen.
