De Reformatie van de zestiende eeuw was niet het einde van religieuze discussie en afscheiding. Al snel bleek, dat de interpretatie van het Bijbelwoord zeer uiteen kon lopen. En dat leidde tot afsplitsing van gelovigen, die zich niet konden vinden in de wijze, waarop de officiële kerk het geloof wenste op te vatten. Koning Willem I streefde naar een algemene christelijke kerk en liet daartoe in 1816 een reglement opstellen. Sommige gelovigen vreesden, dat zo'n reglement de oude grondwaarden van het protestantisme, de formulieren van enigheid, zouden ondermijnen. De botsingen tussen orthodoxen en 'wereldlijken' leidde in 1834 tot de Afscheiding, die ook in Bunschoten en Amersfoort navolging kreeg. De afgescheiden Utrechtse predikant Hendrik Scholte kwam naar Bunschoten en voer met de vissers naar zee, om daar zijn preek te houden.
Ook de Afgescheidenen kenden verschillende stromingen, terwijl in de loop van de negentiende eeuw er ook weer gezelschappen fuseerden. Een halve eeuw later kwamen opnieuw conflicten binnen de hervormde kerk aan de oppervlakte. Nu vond de Doleantie plaats. Dit conflict ging deels over geloofszaken (traditionele versus moderne theologen) en deels over de organisatie van de kerk. De voorman van de dolerenden (klagenden), Abraham Kuyper, wenste sterke lokale gemeenten, terwijl anderen een meer centralistisch bestuur wensten. In Eemdijk, Amersfoort en Bunschoten-Spakenburg sloten velen zich aan bij Kuyper. In 1944 scheurden de Gereformeerde Kerken op een theologische kwestie. In Zeist, Amersfoort en Bunschoten ontstonden 'vrijgemaakte' kerken.
In Eemland is het orthodoxe protestantisme een belangrijke stroming. Daarmee maakt het gebied deel uit van de zogenaamde 'Bijbelgordel', die van de oostelijke Veluwe tot in Zeeland loopt. Ook politiek is dat merkbaar. Zo was Bunschoten-Spakenburg een belangrijke enclave van het Reformatorische Politieke Federatie, die later opging in de Christen Unie. De andere helft van de Christenunie was het Gereformeerd Politiek Verbond, de politieke uitdrukking van de vrijgemaakte kerken, die in 1948 werd opgericht.
Naast deze protestantse geloofsgemeenschappen kent Eemland nog diverse andere. In Amersfoort is een joodse gemeenschap en een grote katholieke minderheid. In een dorp als Eemnes was zelfs het merendeel van de inwoners katholiek gebleven. De katholieken mochten na 1853 een eigen kerkelijke organisatie opbouwen, wat ook leidde tot de bouw van nieuwe katholieke kerken. Ook kwamen er katholieke verenigingen, politieke verbanden en scholen, waardoor de Verzuiling ontstond. Zowel de protestanten als de katholieken hadden een eigen maatschappelijke zuil, een wereld in de wereld. Na 1950 begon deze Verzuiling af te brokkelen, zeker toen steeds minder mensen de kerk als de centrale instelling in hun leven beschouwden. Dat zegt niets over de religieuze gevoelens van mensen, maar illustreert slechts dat die steeds minder in georganiseerde verbanden worden beleefd.
