Huizen was een van de belangrijkste vissersplaatsen aan de Zuiderzee. Al voor de aanleg van een haven kwamen vissers uit het hele gebied in Huizen hun vangst lossen. Het laden en lossen ging echter moeizaam, want door de ondiepe bodem konden schepen niet te dicht bij de kust komen. Met karren getrokken door paarden moest men een kwartier door zee waden. Daarnaast liepen de boten vaak schade op door stormen en ijs, omdat ze de bescherming van een haven misten.
Om die redenen werd de roep om een haven aan het begin van de negentiende eeuw steeds groter. Dankzij subsidie van Rijk en Provincie en een bijdrage van de vissers, lag er in 1852 eindelijk een voorstel dat ieders goedkeuring kon wegdragen. Op 5 augustus 1853 ging de eerste spade de grond in. De opening stond gepland voor 1 mei 1855, maar omdat het werk zo snel en voorspoedig verliep, kon de haven al op 7 oktober 1854 geopend worden.
Ondanks dat de haven op een kwartier lopen van het dorp lag, vormde het een grote stimulans voor de visserij. De vloot groeide van 103 vaartuigen in 1850 naar 182 botters in 1885. Met de botters werd vooral gevist op bot en haring. Daarnaast ook in mindere mate op ansjovis, paling, garnalen en spiering. Scheepswerven, zeilmakerijen, taanderijen, mandenmakers, smeden, kuiperijen, blokkenmakers en bokkingrokerijen profiteerden allemaal mee van goede visjaren.
Na 1885 begon een periode van malaise voor de visserij. De genadeklap volgde echter pas in 1918 met de invoering van de Zuiderzeewet, die besloot tot afsluiting van de Zuiderzee. Tussen 1920 en 1930 keerde meer dan 50% van de Huizer vissers de zee de rug toe. Toch zou het nog tot 1956 duren voordat de laatste visserman zijn schuit verkocht. Tegenwoordig zijn de verschillende (jacht)havens van Huizen uitsluitend in gebruik voor de pleziervaart.