Fusiegemeente (Zie afbeelding 50.1. en 50.2.)
Einde 20e eeuw werden vele kleinere gemeenten samengevoegd. De verantwoordelijkheden van gemeenten werden verbreed en kleinere gemeenten waren daar niet tegen opgewassen. Grotere zouden de taken beter, goedkoper en efficiënter kunnen uitvoeren.
Hazerswoude, Koudekerk en Benthuizen wilden in de jaren ‘80 het liefst zelfstandig blijven. Verschillende samenwerkingsverbanden en -partners passeerden de revue. Benthuizen sprak zich in een enquête uit tegen een fusie met Zoetermeer uit angst dat de open strook tussen beide gemeenten dicht gebouwd zou worden. Dan maar samengevoegd worden met Hazerswoude.
Gedeputeerde Staten besloten Benthuizen, Koudekerk en Hazerswoude samen te voegen. Dit voornemen passeerde op 1 oktober 1990 de Eerste Kamer. Drie maanden later was de fusie een feit.
Dhr. M.J.J.M. Boelen werd benoemd tot eerste en naar later bleek ook de laatst door de Kroon benoemde burgemeester van de gemeente met de werknaam Rijneveld. Hij was tot dan burgemeester van Leimuiden en Nieuwveen die samen de gemeente Liemeer gingen vormen en Rijnsaterwoude dat opging in de gemeente Jacobswoude.
Het gemeentehuis in Hazerswoude-Rijndijk werd de nieuwe locatie voor heel Rijnwoude. Het was te klein voor alle ambtenaren die waren overgekomen van Koudekerk en Benthuizen. Het Rijk stelde na herindeling een bedrag beschikbaar om eventueel ambtenaren op wachtgeld te kunnen zetten en voor overige zogenaamde frictiekosten. Dat was nauwelijks nodig en daarom werd besloten de subsidie te besteden aan de bouw van een nieuwe vleugel aan het bestaande gemeentehuis.
Met behoud van eigen identiteit (Zie afbeelding 50.3.)
In het wapen van Rijnwoude is goed te zien dat de gemeente uit drie oorspronkelijke dorpen bestond.
Het toont de ster van Hazerswoude, de adelaar van Koudekerk en de turfjes van Benthuizen. Het was Maarten Boelen echter al gauw duidelijk dat de afzonderlijke woonkernen hun eigenheid zouden behouden. Rijnwoude was een ambtelijke benaming, de paraplu waaronder overheidstaken werden uitgevoerd. Niet alleen lagen de kernen op enige afstand van elkaar of waren ze gescheiden door de Rijn, de eeuwenoude geschiedenis van elk dorp had het een eigen identiteit gegeven. Hazerswoude-Dorp, Benthuizen, de Groenendijk en Koudekerk zijn te beschouwen als één grote familie met een eigen sfeer en sociale samenhang. Nieuwbouwwijk de Rhynenburch maakt dat Hazerswoude-Rijndijk anders is, een echt forensendorp waar veel mensen van elders komen en overdag buiten het dorp werken. Hierdoor is de samenhang een stuk minder. In de 23 jaar dat Rijnwoude bestaan heeft, is het gemeenschappelijke gevoel langzaam maar zeker gegroeid. Volgens oud-burgemeester Boelen is dit mede te danken aan de politiek. Plaatselijke politici stelden het belang van Rijnwoude als geheel centraal. Ze hadden oog voor de afzonderlijke kernen maar begunstigden de een nooit boven de ander. Waar mogelijk kregen processen de tijd. Zo duurde het meer dan vijf jaar voordat de plaatselijke brandweerkorpsen opgingen in één brandweer voor Rijnwoude. Op 1 april 2001 moest Maarten Boelen wegens ziekte zijn taken als burgemeester neerleggen. Op 1 oktober 2002 ging hij officieel met de VUT.
Gedeputeerde Staten had toen al de intentie om Rijnwoude weer te laten fuseren. Nieuw overheidsbeleid maakt dat alleen nog grotere gemeenten de taken naar behoren kunnen uitvoeren. Jan Westra werd per 1 oktober 2001 benoemd als waarnemend burgemeester. Na hem volgden nog drie burgemeesters die tijdelijk benoemd werden: Enric Hessing, An Hommes en sinds 2008 Anja Latenstein van Voorst. Zij zal op 1 januari 2014 het stokje overdragen aan een nieuw te benoemen burgemeester van Groot Alphen.
De gekke koeientunnel (Zie afbeelding 50.4.)
23 Jaar is te weinig om grootse verdiensten na te laten. Een paar zaken zijn wel heel zichtbaar: de herstructurering van de toen nog provinciale Hondsdijk begin jaren ’90 waar de gemeente Koudekerk zelf geen geld voor had maar waar Rijnwoude samen met Leiderdorp en de provincie wel toe in staat was en de komst van de N11 met een ongelijkvloerse kruising waardoor er niet zoals in Alphen en Zoeterwoude verkeerslichten bij de afslag staan. Iets dat al door de gemeente Hazerswoude in gang was gezet. Het bestemmingsplan voorzag in twee keer één baan. De weg was echter zo breed dat er twee keer twee banen mogelijk waren. Korte tijd werd vastgehouden aan dat wat het bestemmingsplan voorschreef: rijden over twee keer één baan. Toen Minister van Verkeer Netelenbos op een dag over de N11 reed en zag dat één baan was afgezet, bepaalde ze direct dat er een einde aan die absurditeit moest komen en dat de N11 voortaan over de gehele breedte bereden moest worden.
Andere besluiten van de gemeente Rijnwoude: het openstellen van het ITC-terrein voor niet-sierteelt bedrijven en het behoud van de plaatselijke samenhang door dorpshuizen als De Juffrouw, De Tas, De Til, De Ridderhof en Het Anker, zo veel mogelijk op eigen kracht, te laten voortbestaan.
In de loop der jaren is Rijnwoude onder en boven de grond doorsneden door de HSL-Zuidlijn. Benthorn telt sindsdien nog slechts drie boerderijen. Minister-president Wim Kok wilde niet dat het Groene Hart open zou komen te liggen door de aanleg van een open bak en besloot daarom tot de aanleg van de Groene Harttunnel die van Leiderdorp naar het Westeinde in Hazerswoude-Dorp loopt. Door deze ‘gekke koeientunnel’ blijft het land groen en kunnen koeien ongestoord grazen
De naam Rijnwoude kwam ook voor in de Rijnwoude Koerier, nu de Groene Hart Koerier, en de inmiddels verdwenen Radio Rijnwoude.
Einde van Rijnwoude (Zie afbeelding 50.5.)
In 2008 besloten Boskoop en Rijnwoude op vrijwillige basis in 2011 te fuseren. Gedeputeerde Staten wees het voorstel om ook Waddinxveen hierbij te betrekken af. De gemeente Rijnwoude besloot echter verder onderzoek naar een eventuele fusie te staken wegens gebrek aan draagvlak.
In 2010 nam Gedeputeerde Staten zelf de regie in handen. De provincie wilde een krachtig lokaal bestuur om regionale zaken zoals de Oude Rijnzone en Greenportontwikkelingen aan te pakken. Op 1 juli 2011 besloot Provinciale Staten dat Rijnwoude per 1 januari 2014 zou fuseren met Alphen aan den Rijn en Boskoop. Ook nu besloten de Benthuizenaren zich niet bij Zoetermeer te voegen maar bij de rest van Rijnwoude te blijven. Besloten werd, ondanks protest uit Boskoop en Rijnwoude, de naam Alphen aan en Rijn niet te wijzigen. Wel moest er een nieuw gemeentewapen komen.
Een van de zaken waar de ‘nieuwe’ gemeente mee te maken zal krijgen, is de intentie van NS/Pro Rail en de provincie om een station in Hazerswoude-Rijndijk te bouwen. Om de zoveel tijd steekt dit plan de kop op. Zo ook in 1991. Er zou dubbel spoor worden aangelegd. Struikelpunt waren toen de kosten van de aanleg van een nieuwe spoorwegovergang. Deze zou ongelijkvloers moeten zijn. De tijd zal leren of het station er in de komende jaren wel komt.