Als je met je rug naar het Moreau-orgel door de opening in het koorhek loopt, sta je in het koor van de Sint-Jan. Er staat een orgel, stoelen en het meest opvallend is wel de messing vloer, die na de restauratie van het koor is aangebracht. Het plafond van het koor wordt gedragen door pilaren. Als je goed kijkt, zie je dat die een beetje scheef staan. Dat komt doordat de Sint-Jan langzaam scheef zakt, in de richting van de Goudse markt. Gouda is namelijk gebouwd op een zachte ondergrond, veengrond om precies te zijn. Het gewicht van grote gebouwen zoals de Sint-Jan is enorm, waardoor de kerk elk jaar een paar millimeter verzakt. Een deel van de kerk is op zand gebouwd, wat een veel hardere ondergrond is dan veen. Daardoor zakt de kerk in de richting van de veengrond en gaan de pilaren scheef staan.
Als dat verzakken tientallen jaren doorgaat, ontstaan er scheuren in de muren en in de bouwconstructie van de kerk. Zodoende verzwakt de bouwconstructie, gaan er stenen naar beneden vallen en dreigt op de lange termijn het gevaar dat een deel van de kerk instort. Niet alle delen van de kerk verzakken even snel. De pilaren in het koor bijvoorbeeld gaan sneller de grond in dan de muren van de kerk. Rond 2014 is de Sint-Jan flink verzakt en is een restauratie dringend nodig.
Een van de manieren waarop de constructie van de Sint-Jan is verstevigd, is door onder de pilaren stalen constructies aan te brengen waarop het gebouw rust. Op die manier hebben de pilaren een steviger fundament en verzakken ze minder snel. Dat blijft echter niet zo. Op den duur zakken de pilaren weer scheef en is een nieuwe restauratie nodig.
Restauraties hebben vaak een ‘bijvangst’, namelijk archeologische vondsten. Als je de vloer van de Sint-Jan open maakt, kom je heel veel interessante dingen tegen. Lange tijd was de kerk bijvoorbeeld ook een begraafplaats waar vooral de vooraanstaande en rijke burgers van de stad zich lieten begraven. Rijke families hebben grafkelders in het koor, de duurste plaats in de Sint-Jan, die er tot op de dag van vandaag nog zijn. Bijna alle mensen in de kerk liggen met hun hoofd naar het westen, vanuit de gedachte dat ze bij de wederkomst van Jezus, wat christenen geloven, Christus dan gelijk kunnen zien.
Tijdens het restaureren van het koor en het opgraven van al die botten is een bijzondere ontdekking gedaan. Een van die vele skeletten, het is nog helemaal intact, ligt niet met het hoofd naar het westen, maar naar het oosten. Uit de grafboeken kunnen we niet afleiden wie hij is en dat is heel vreemd, want van de meeste graven zijn dit soort gegevens bewaard gebleven. Verschillende mensen hebben de overblijfselen onderzocht. Het blijkt dat de persoon die zo vreemd begraven is, een jongen van ongeveer 17 jaar oud is. Tot op de dag van vandaag weten we niet wie hij is, maar wel is zijn gezicht gereconstrueerd met behulp van moderne technieken. Zo kunnen we hem nog wel zien en zijn verhaal in de Sint-Jan verder vertellen.
Al met al blijkt dat de restauratie niet alleen belangrijk is om de kerk te herstellen, maar ook om nieuwe dingen te leren over de inwoners van Gouda in vervlogen tijden.