Rondom de preekstoel is een grote cirkel van banken geplaatst, ‘amfitheatergewijs’, zoals het in sommige boeken staat opgeschreven. De banken zijn niet altijd op deze manier ingedeeld, in 1851 neemt het kerkbestuur het besluit wat tot het ontwerp van dit bankenplan leidt, geheel naar de mode van de tijd. Voor die tijd zijn de banken op een andere manier ingedeeld, wat overigens wel zitplaatsen gekost heeft. In eerste instantie waren er 1800, vandaag de dag zijn er 1618 zitplaatsen in de banken.
Voor 1853, het jaar waarin het huidige bankenplan voltooid is, zijn de herenbanken, de banken voor de aanzienlijke burgers van Gouda, rondom de pilaren gebouwd. Ze zijn rijk versierd met houtsnijwerk en voorzien van een luifel. Deze speciale banken zijn een symbool van maatschappelijke status. Naast deze mooie banken zijn er ook gewone kerkbanken voor de minder aanzienlijke burgers. De rangen en standen van de samenleving zijn dus zichtbaar in de zitplaatsen in de kerk.
Het zijn juist deze herenbanken die in het nieuwe bankenplan verdwijnen. Hoe gevoelig dat ligt, blijkt uit de reactie van een president-kerkvoogd. Deze man was na zijn afscheid als wethouder van Gouda een permanente plaats in de burgemeestersbank beloofd. Door het verdwijnen van de herenbanken verdwijnt zijn aanzienlijke zitplaats. Hij verzet zich daarom fel tegen het nieuwe plan, maar het mag niet baten.
Ondanks het verzet is het plan van het kerkbestuur goedgekeurd en zijn de oude banken afgebroken. Dat betekent echter niet dat we geen enkel idee meer hebben hoe de oude banken eruit hebben gezien. Er zijn schetsen van deze banken bewaard gebleven en delen van de voormalige herenbanken zijn ook hergebruikt in de nieuwe banken. De deuren en schotten zijn bijvoorbeeld verwerkt in de luifelbanken op de achterste rij van het nieuwe bankenplan. Het is niet zo dat met het afbreken van de herenbanken alle uitingen van maatschappelijke status uit het bankenplan verdwijnen. De luifelbanken zijn bijvoorbeeld bedoeld voor de mensen met aanzienlijke ambten en functies in de stad.
Ook alle andere plaatsen in het nieuwe bankenplan zijn op een bepaalde manier ingedeeld. Schuin rechts voor de preekstoel zitten de soldaten, schuin links de kinderen van het Weeshuis met hun begeleiders. Aan beide zijden achter de preekstoel zitten de minst aanzienlijke inwoners van Gouda, de mensen uit de Werkinrichting. Deze plekken zijn eveneens bedoeld voor mensen die voor hun dagelijks onderhoud afhankelijk zijn van de diaconie en voor kerkgangers van buiten Gouda. Naast weeskinderen, soldaten en minderbedeelden, hebben ook mannen en vrouwen een aparte plaats. De vrouwen zitten links van de preekstoel, de mannen rechts.
Het verminderde aantal zitplaatsen levert ook problemen op voor de verdeling van het aantal plekken. Mensen huren daarom een vaste plaats in de banken. Als je niet het geld hebt om een plaatskaart te kopen, moet je tot vijf minuten voor de dienst wachten totdat je kunt gaan zitten. Dit zorgt net voor de dienst voor veel geloop, wat men niet vindt passen bij een gewijd gebouw als de Sint-Jan. Sinds de jaren zeventig zijn alle zitplaatsen vrij voor iedereen. Dit betekent het definitieve einde aan zichtbare rangen en standen in de kerk. Waar je zit is immers niet meer verbonden aan hoe vermogend of aanzienlijk je bent.