In januari 1795 trokken Franse troepen over de bevroren rivieren Nederland binnen met in hun kielzog de in 1787 gevluchte patriotten. Begin maart bezetten Franse soldaten Ootmarsum. Op 7 maart dansten de burgers vol enthousiasme om de vrijheidsboom. Wijnhandelaar Teusse stuurde het gemeentebestuur een rekening voor 187 flessen wijn, geleverd tussen 24 januari en 30 april. De patriotten dachten dat ze het weer voor het zeggen kregen, maar kwamen bedrogen uit. Formeel was de Bataafse Republiek onafhankelijk, maar er gebeurde niets zonder goedkeuring van de Fransen.
Bezoek koning Lodewijk Napoleon
In 1806 benoemde keizer Napoleon zijn broer Lodewijk tot koning van Holland. Hij had hart voor het Nederlandse volk en probeerde de armoede en de problemen van zijn onderdanen te verlichten. Hij bezocht verschillende departementen in het land. In veel plaatsen was het bezit van de kerk een twistpunt tussen de katholieken en de gereformeerden. Lodewijk Napoleon probeerde bij zijn visites te bemiddelen. In 1809 werd het departement Overijssel bezocht door de koning. Op 9 maart reisde hij met zijn echtgenote en gevolg, begeleid door een escorte van 56 Franse huzaren, van Almelo naar Ootmarsum. Voor de stad werd hij opgewacht door een erehaag van zo'n 200 boeren te paard. Onder klokgelui trok de lange stoet de feestelijk versierde stad binnen, waar honderden belangstellenden het deftige gezelschap bewonderden. Op de Markt verwelkomde één van de burgemeesters de koning.
Audiëntie
De magistraat, dominee Immink en pastoor Joghems mochten bij de koning op audiëntie. Zij bepleitten bij de koning waarom juist zij recht meenden te hebben op het bezit van de Grote Kerk. De koning gaf de gereformeerden hoop dat de kerk in hun bezit zou blijven. Maar de minister van Eredienst vroeg de gereformeerden herhaaldelijk een plaats aan te wijzen waar een nieuwe kerk kon worden gebouwd; ook wilde hij een begroting.
Het koninklijk besluit
Op 13 maart kwam het besluit van de koning af, met als belangrijkste onderdeel de toewijzing van de Grote Kerk aan de katholieken. Op 29 maart werd het ter kennis gebracht aan de gereformeerde en katholieke gemeenschap, en de magistraat. Na 177 jaar kwam de Grote Kerk terug in katholieke handen. Het nieuws werd in gebed afgewacht en na de afkondiging vliegensvlug verspreid. Een ooggetuige schreef: "Buiten de stad zaten van afstand tot afstand menschen in de boomen die baden en met gespannen verwachting uitzagen, zoodat als in een zwaluwvlucht in ongelooflijk korten tijd de blijde tijding overkwam. Wonderbaar was de stemming der menschen op dien dag: geen bakker of winkel, geen slachter of herbergier nam geld; alles werd gegeven voor niets, zelfs waren er die een ham of een stuk rookvlees aan de deur hingen met een mes erin, om iedere arme uit te noodigen. Hieruit ziet men hoe diep de strijd van 200 jaren in merg en bloed was doorgedrongen en men gehecht was aan de tempel die door de voorouders was gesticht."
De protestantse kerk
Ter compensatie voor het verlies van de Grote Kerk kregen de protestanten een nieuw kerkgebouw. Lodewijk Napoleon schonk van staatswege de helft van de stichtingskosten. De kerk is in 1810-1811 gebouwd in de toen gangbare neoclassicistische stijl. Kenmerkend zijn: de rechthoekige bouwvorm, de halfronde ramen, de klassieke voorkant met de pseudo-antieke zuilen, en de driehoekige gevelkroon met daaronder de fries. Bijzonder is dat de breedte van het gebouw bepaald werd door de breedte van het orgel dat uit de Grote Kerk werd meegenomen. In 1844 werd de klokkentoren met eigen luidklok gerealiseerd. Het perceel grond waarop de kerk staat, is geschonken door Anthony Vosding van Beverforde. De twee gebouwen die tegenover de kerk stonden zijn later aangekocht en gesloopt om het statige aanzicht beter te doen uitkomen. Het Art Deco-uurwerk is in 2009 geplaatst.
Het interieur
Het prachtige Berner-orgel is gebouwd in 1781. Een deel van het pijpwerk is afkomstig van een orgel uit 1676. Naast het orgel werden ook de grafsteen van de laatste commandeur Johan Dietrich van Heiden, de lezenaar (1687) en de preekstoel (1614) meegenomen uit de Grote Kerk. Een oude, zeer kostbare kelk maakt deel uit van het avondmaalszilver. De prachtige statenbijbel uit 1673 pronkt op de oude lezenaar. De stijlvolle doopvont stamt uit 1933. Aan de muren hangen glas-in-loodpaneeltjes, gemaakt van de glasrestanten van de in 1945 door een bom vernielde ramen van de kerk.
