Na 1626 behoorde heel Twente definitief tot de Republiek. Daarna vonden in deze streken geen oorlogshandelingen meer plaats. Enschede vierde dan ook op 16 mei 1648 feestelijk de overeengekomen Vrede van Munster. Maar de rust was van beperkte duur. Op 22 en 29 september 1665 werd de stad vanuit Ahaus geplunderd en daarna veroverd door een leger van Bernhard von Galen. Deze vorst-bisschop van Munster was ook in eigen land beter bekend als "Bommen Berend". Von Galen deed, na een verdrag met Engeland te zijn aangegaan, pogingen in het noorden van het land een bruggenhoofd voor de Britten te vestigen. Het plan mislukte en de bisschop moest zich terugtrekken. In 1666 werd vrede gesloten.
Enschede Munsters
Op 1 juni 1672 viel het Munsterse leger opnieuw binnen. Nog
dezelfde dag werd Enschede bezet. In deze Tweede Munsterse Oorlog
veroverde de bisschop - in samenwerking met de vorsten van
Engeland, Frankrijk en Keulen - geheel Gelderland, Overijssel en
Drenthe. De Staten van Overijssel erkenden hem als landsheer en
zeiden hun verbintenis met de Republiek op. De Fransen bezetten de
zuidelijke gewesten en Utrecht. Volgens het bekende gezegde "was de
regering radeloos, het volk redeloos en het land reddeloos".
Wolven
Door alle orlogshandelingen, de stropende militairen en door
de pest raakte het platteland bijna ontvolkt. Daardoor kwamen er
weer meer wolven in Twente. In 1675 werd de premie voor het vangen
of doden van een wolf verhoogd tot "50 Karolusguldens voor een
rekel, 60 voor een moerwolf en 15 voor een jonge wolf". Uit deze
tijd dateren de vele volksverhalen over wolven die een nest jongen
in de bedstee van een boerderij wierpen; de berkenbomen die uit de
schoorsteen groeiden; of het verhaal dat degene die vuur in de
haard maakte, daarmee ook eigenaar van het boerenerf was
geworden.
Doopsgezinden
Tijdens het bewind van Bisschop Bernard van Galen hadden de
doopsgezinden het erg zwaar. Veel doopsgezinden werkten in de
linnenhandel. Ze vluchtten naar Twente en de Achterhoek, maar ook
daar kreeg Bommen Berend het tijdelijk voor het zeggen. Ze "doken
onder" en hielden hun godsdienstoefeningen op boerderij de Haimer
in Twekkelo, hoewel ze dat officieel al sinds 1631 in "alle
stilligheid en moderatie" mochten doen. Ze lieten hun huwelijken
niet in een protestantse- of katholieke kerk sluiten en kregen op
zeker moment toestemming om dat door een richter te laten doen, ten
overstaan van "keurnoten". Gelukkig zijn hun doop en trouwboeken
bewaard gebleven.
Aftocht
Bommen Berend slaagde er niet in de stad Groningen te
veroveren. Die nederlaag was voor hem het letterlijke keerpunt van
zijn veroveringen. In april 1674 werd de oorlog met Munster
beëindigd, waarna Bommem Berend zich terugtrok uit Twente. De
prins-bisschop had er in die twee jaar alles aan gedaan om de
positie van de rooms-katholieke kerk te herstellen. Zo werd de
Grote Kerk in Enschede weer teruggegeven aan de katholieken. Het
platteland had erg te lijden onder het oorlogsgeweld. In de loop
van de jaren werd nogal eens "gemene grond" verkocht om de hoge
afdrachten aan de Staten van Overijssel te kunnen betalen.
Nieuw stadswapen
De Duitse grensgebieden bleven door de eeuwen heen van groot
belang voor Enschede. Er was veel handel, verkeer en wederzijdse
contact. Het stadszegel van Enschede werd in 1670 gewijzigd. De
afbeelding van een heiligenfiguur werd vervangen door een
stadswapen met het slaghek. Het randschrift luidde: "sigillum
civitatus Enscheidensis" (stadszegel van Enschede). Het slaghek
staat symbool voor de grens tussen Overijssel en het
Munsterland.