Sinds de aanleg van de vestingwerken, die in 1621 waren voltooid, had Deventer niet veel aan het onderhoud gedaan. Pas in het voorjaar van 1672, toen een vijandelijke aanval steeds waarschijnlijker werd, werd de stad in staat van paraatheid gebracht. Medio juni stonden de Duitse troepen inderdaad klaar om de stad te beschieten. Op 20 juni 1672 werd Deventer aangevallen door de Munsterse troepen van bisschop Bernhard van Galen, bijgenaamd Bommen Berend en door de troepen van de bisschop van Keulen. De aanval vond plaats op initiatief van de Franse koning Lodewijk XIV, de Zonnekoning.
Overgave aan Bommen Berend
Het stadsbestuur was verdeeld in twee partijen. Burgemeester Hendrik Nilant, "het koninkje van Deventer", met zijn familie en andere aanhangers wilden de stad, ter voorkoming van algehele vernieling, direct overgeven. De burgemeesters Arnold van Boekholt en Hendrik ter Borch en hun aanhang waren daar fel op tegen. De Nilandisten kregen hun zin: Deventer gaf zich al 1 dag na de belegering aan de Münsterse en Keulse troepen over. Een grote groep Deventenaren die zich verraden voelde, stroomde samen voor het huis De Twaalf Apostelen van Hendrik Nilant aan de Brink, waarop de Nilants via een achterpoortje vluchtten. Een dochtertje van Hendrik Nilant kwam om bij de schermutselingen. Met de vlucht van Hendrik Nilant kwam een tijdlang een einde aan de hegemonie van de toonaangevende Nilants, van wie meer dan 30 jaar tientallen familieleden openbare ambten hadden bekleed in Deventer. De gevel van het huis De Twaalf Apostelen werd in 1862 gesloopt; de rest van het pand werd, behalve de achterzaal, verwoest bij het bombardement van 6 februari 1945; thans staat op die plaats aan de Brink het voormalige ziekenfondsgebouw.
Rampzalige bezetting
Ook Kampen en Zwolle capituleerden snel, waardoor heel Overijssel gemakkelijk in handen van de vijand viel. De snelle overgave werd door de andere gewesten van de Republiek als verraad beschouwd. Hiermee maakte het gewest zich bepaald niet geliefd bij de Staten-Generaal in Den Haag, hoewel de Staatse troepen zelf vrijwel meteen na de inval van de IJssellinie waren teruggetrokken.Gedurende 2 jaar was de stad in Keulse handen. De bezetting was rampzalig. De Keulse bisschop ontnam de van oudsher autonome stad het recht op zelfbestuur. Deventer moest inkwartiering van vijandelijke troepen dulden en veel soldij betalen. Door geldnood moest het stadszilver, dat op het stadhuis bewaard werd, omgesmolten worden. De zilveren bokaal van Adriaan van Boekholt ontkwam aan dit lot, doordat de familie deze tijdig terugkocht van het stadsbestuur. Deventer werd in 1674 ontruimd nadat de stad een grote geldsom aan de vijand had betaald. Als gijzelaars werden vijf stadsbestuurders meegenomen. Ze werden pas vrijgelaten toen Deventer het geld betaald had.
De bemoeienis van stadhouder Willem III
Nadat in 1675 het stadhouderlijk gezag was hersteld, kreeg
Willem III volgens het zogenoemde regeringsreglement het
recht om bij de benoeming van het stadsbestuur in te grijpen.
Voortaan was de verkiezing van de magistraat pas geldig wanneer de
stadhouder er zijn goedkeuring aan had gegeven. Dit beschouwde een
ruime meerderheid van de burgers als een inbreuk op het recht op
zelfbestuur, een recht dat dateerde uit de middeleeuwen. De oude
"Vrije Keizerlijke Hanzestad" was van oudsher nogal staatsgezind.
Met name de gezworen gemeente was het met de stadhouderlijke
inmenging niet eens en protesteerde, en het jaar daarop nog
luider, toen Willem volgens hen zijn bevoegdheden overschreed. In
1677 weigerden zij opnieuw het regeringsreglement te erkennen. Maar
het verzet was tevergeefs: de stadhouder kreeg zijn zin.
Na de dood van Willem III in 1702, toen het tweede stadhouderloze
tijdperk intrad, probeerden de in 1675 aan de kant gezette
regenten, onder wie leden van de familie Nilant, hun plaats op het
pluche te heroveren. Ook de gilden mengden zich actief in de strijd
om meer zeggenschap. Zij eisten nieuwe verkiezingen, die inderdaad
plaatsvonden. Maar de nieuwe bestuurders bleken zich al snel
schuldig te maken aan hetzelfde machtsstreven als de oude regenten.
Deze conflicten tussen staats- en oranjegezinden, die veel onrust
in de stad veroorzaakten, stonden niet op zichzelf. Deze zogeheten
plooierijen vonden ook elders in Overijssel
plaats.
