De Bataafse Republiek der Patriotten ging in 1806 roemloos over in Franse dictatuur. De economische situatie was schrikbarend. Het land werd betrokken bij de oorlog tussen Frankrijk en Engeland en er kwam onder het Continentaal stelsel een verbod op de handel met Engeland. De eens zo winstgevende scheepsbouw en walvisvangst gingen ten onder. Militaire dienstplicht werd ingevoerd, douanen werden aan de Zaan geposteerd. Op de verjaardag van Napoleon werden de Zaankanters gedwongen feest te vieren. Waar was de vrijheid gebleven?
Een nieuwigheid onder het Franse regime was de verplichting om vaste achternamen te voeren. Veel van de nieuwe Zaanse achternamen bestonden uit één lettergreep. Typisch Zaans zijn ook vadernamen met uitgang op -is (zoon van), zoals Duyvis, Heinis, Tanis, Veenis, Avis en Galis.
Ingrijpend was in het jaar 1811 de vorming van gemeenten. Zo kregen alle dorpen met een kerk voor het eerst enig zelfbestuur. Nietige plaatsen als Wijdewormer, Jisp en Assendelft, en grotere zoals Krommenie, Westzaan, Oostzaan, Wormerveer, Koog aan de Zaan en Zaandijk werden een juridische eenheid. Deze indeling heeft tot 1974 bestaan.
Nog verder ging de samenvoeging bij keizerlijk bevel van de dorpen West- en Oost-Zaandam tot één gemeente. Dit gebeurde op aandringen van notaris H. Göbel, die tot eerste president-maire werd benoemd. De twee dorpen voelden er niets voor. 'Combinatie of splitsinge komt bij ons niet te passe', aldus de bitse reactie van de oostkant met de oudste kerk. Göbel had natuurlijk gelijk, want oost en west stonden algemeen bekend onder de naam Zaandam, en economisch en qua bevolking was er weinig onderscheid. In de tekst van het décret imperial werd per ongeluk de term ville Zaandam gebruikt, dat geen officiële betekenis had. Maar opzettelijk of niet, als aan één ding de nieuwe gemeente heeft vastgehouden dan is het de strelende aanduiding stad. Was Zaandam een stad? Bij gebrek aan echte centra in Oost- en West-Zaandam had de Hogendam zich als middelpunt ontwikkeld met stedelijke functies als openbare gebouwen, herbergen en winkels.
In 1811 verscheen Napoleon in eigen persoon. De avond tevoren liet hij pas weten dat hij de Zaanstreek kwam bezoeken. Omroepers maakte het in allerijl bekend. Er was veel volk maar geen vreugdekreten. Met snelle gang liep Napoleon de menige door en stond even stil op de Grote Sluis. Daar sprak hij bij het zien van de schilderachtige Binnenzaan de woorden 'sans pareil'. Daarna spoedde hij zich naar het Czaar Peterhuisje en bezag de geringe hut met een smadelijke grimas. Keizerin Marie Louise gaf haar teleurstelling te kennen door een schaterend lachen. Zonder iemand ontvangen te hebben vertrok het gezelschap binnen een half uur.
Na de desastreuze veldtocht van Napoleon in Rusland in 1812 sloeg de houding van de bevolking definitief om. Een georganiseerde opstand onder leiding van Jacob Rek in Zaandam was het gevolg. De opstand keerde zich tegen de conscriptie, de inlijving in het Franse leger. Verhinderd moest worden dat het gemeentebestuur Zaanse burgers zou inschrijven voor een volgende krijgstocht. Rek wist de lijsten met de namen in handen te krijgen. Enkele gendarmen werden gevangen. Na dit aanvankelijke succes sloeg het Franse gezag terug. Meer dan 1200 militairen trokken de stad binnen en werden ingekwartierd. Jacob Rek en vijf andere aanvoerders werden gearresteerd en na snelle krijgsraad veroordeeld. Twee uur na het uitspreken van het vonnis werden ze op de Burcht geëxecuteerd. Anderhalve eeuw later werden deze zes min of meer gelijkgesteld met verzetsstrijders uit de Duitse bezettingstijd. Op het Verzetsmonument 1940-45 te Zaandam zijn hun namen alsnog aangebracht.
