Lag het veen oorspronkelijk hoog en boven zeeniveau, vanaf de ontginning trad er, als gevolg van de ontwatering, enorme klink op. Het land begon in te zakken. Door het ploegen kwam er bovendien zuurstof bij waardoor het verteerde. In West-Friesland is het veen zo uiteindelijk helemaal verdwenen maar in Waterland was het veenpakket daarvoor te dik. Daarom is Waterland nog steeds een van de best bewaarde middeleeuwse veenweidegebieden in Nederland.
Door de daling van het land kreeg de Zuiderzee er toegang. Die was ontstaan uit het Almere en kon door de getijdenwerking van eb en vloed een grote kracht ontwikkelen. Grote delen van het oosten van Waterland zijn tijdens stormvloeden in zee verdwenen, zoals Etersheim en een deel van Warder. Marken werd een eiland.
Bovendien breidden in het natte kwetsbare land de riviertjes zich uit tot brede wateren en meren, zoals de huidige Dieën, de Waterlandse meren en bovenal de Purmer en de Beemster. Zo ontstond een echt 'waterland'.
Toen het land natter begon te worden verplaatsten de boeren hun boerderijen naar een hogere en drogere plek op hun eigen kavel maar al gauw was dat niet meer voldoende. Een beproefd middel om het huis droog te houden was het op een kleine verhoging te bouwen, een huisterp of, met meerdere mensen, een woonterp. Op Marken, dat nooit echt bedijkt is geweest, bereikten deze terpen, hier werven geheten, op den duur een indrukwekkende hoogte. Ze zijn er nog steeds.
Uiteindelijk is Waterland gered door het aanleggen van dijken. Er kwam een omringdijk om het zuidelijke gedeelte, het huidige Waterland, en een dijk om de Zeevang. Op den duur werden ook de meeste riviermondingen met dammen afgesloten om het water buiten de polder te houden. Het hielp, maar niet te tellen zijn de keren dat de dijken bezweken bij zware stormen. Het bochtige verloop van de dijken en de vele 'braken' getuigen nog steeds van deze dramatische gebeurtenissen. De dijken hadden overigens een ander voordeel: in het drassige land vormden ze ideale wegen. Soms hele dorpen (zoals Kwadijk) verhuisden om deze reden naar de dijk.
