De Zuiderzee - nu het IJsselmeer - was een onberekenbare, geduchte tegenstander van de Waterlanders in vroeger eeuwen. De golven vormden niet alleen een bedreiging voor mens en vee, maar het land ondervond ook veel schade van het zoute water.
Omdat de bodem van Waterland steeds verder daalde, was de aanleg van dijken noodzakelijk om het water buiten de deur te houden. Daarnaast moesten in het land afwateringskanalen gegraven en sluizen gelegd worden. Naast de zorg voor het bestaan was de zorg voor droge voeten de belangrijkste bezigheid van de boeren. Aanvankelijk regelden de dorpen dit op democratische wijze allemaal zelf, zonder bemoeienis van een heer, zoals de Persijns, en later de graven van Holland. De inwoners wezen heemraden of waarschappen aan, die verantwoordelijk waren voor de waterstaatszaken. Omstreeks 1300 waren zowel Waterland als de Zeevang door gesloten dijkringen beschermd. In de waterstromen lagen sluizen. Een goede samenwerking tussen de dorpen en tussen de landeigenaren onderling was belangrijk, maar door tegengestelde belangen was het lang niet altijd koek en ei. Behalve dat álle landeigenaren hun eigen sloten schoon moesten houden zoals dat ook nu nog steeds gebeurt, moesten de boeren, die land aan de dijk hadden liggen, tevens voor het kostbare onderhoud van de dijk zorgen. De dijk werd onder hen 'verstoeld', dat wil zeggen in lengtes verdeeld. Elke boer was verantwoordelijk voor het hem toegewezen stuk en juist deze regeling vormde een bron van ruzie. Soms legden de dorpen hun geschillen voor aan het Hof van Holland. Dit was bijvoorbeeld het geval met de Keukendijk, een stuk van de zeedijk van de Zeevang. Over het onderhoud en de kosten daarvan is tientallen jaren, tot in de 15e eeuw, geprocedeerd. In die tijd was de invloed van de dorpen op waterstaatszaken al behoorlijk ingeboet door de door de graaf aangestelde schout of baljuw - nu een hoofdofficier van justitie, voorzitter van de rechtbank en hoofdcommissaris van politie - die op zijn beurt de heemraden benoemde.
Afgezien van de ruzies tussen de dorpen onderling en vervolgens al dan niet gezamenlijk met het grafelijk gezag, leek het waterbeheer op papier dan wel doeltreffend geregeld, maar dit kon niet voorkomen dat door stormen en vloeden het Noord-Hollandse platteland een gatenkaas werd: met dijken omringde veeneilanden, waartussen steeds groter wordende stromen en meren die in die tijd in open verbinding met de Zuiderzee stonden.
Het is aan keizer Karel V te danken dat in de 16e eeuw de waterhuishouding onder centraal gezag kwam te staan. Op voor toenmalige begrippen "democratische" wijze liet hij in 1544 op een hoorzitting door de dorpen en steden alle problemen aan zich voorleggen. Maar het duurde nog tot 1565 voordat het eerste officiële college van dijkgraaf en heemraden was geïnstalleerd. Dit eerste waterschap was verantwoordelijk voor alle waterstaatkundige werken, waaronder het onderhoud aan de vele watermolens. Als regels werden overtreden mochten boetes opgelegd worden. Tot in deze tijd vervullen de waterschappen deze belangrijk rol. Een bijkomende taak is nu de zorg voor de kwaliteit van het boezemwater.
