Karakteristiek voor het wonen in Waterland zijn de houten huizen en boerderijen. Alles aan en in deze panden is van hout, de dakbedekking bestaat meestal uit riet. Deze eeuwenoude manier van bouwen heeft zich tot in onze tijd vooral op het platteland gehandhaafd. De huizen in de steden waren in het verleden ook van hout. Pas na 1500 nam het gebruik van baksteen daar voor huizen toe. Dit had te maken met alles verwoestende branden waarvan de steden in de Middeleeuwen met regelmaat van de klok te lijden hadden. Zo brandde Monnickendam in 1513 voor een groot deel af, Purmerend in 1519 en Edam werd in 1587 door brand geteisterd.
De boeren-ontginners maakten hun huizen zelf. Deze waren niet alleen bedoeld om in te wonen, maar moesten ook onderdak aan het vee bieden. Ze lagen in groepjes bij elkaar, elk op de kop van een kavel, langs een riviertje of een uitgegraven sloot. Het waren zogenoemde 'woonstalhuizen', langwerpige huizen waarin mens en vee onder één dak leefden. Voor de bouw waren de boeren aangewezen op materialen die in de natuurlijke omgeving van het veen te vinden waren: hout van bomen, riet voor het dak en gedroogde veenplaggen voor de wanden. In restanten van deze oude boerenhuizen is essen-, elzen-, wilgen- en berkenhout aangetroffen. Omdat er niet altijd een smid in de buurt was die de bouwers spijkers (taaie nagels) kon leveren, werden de houten onderdelen met vernuftige verbindingconstructies in elkaar gezet. Aan de bouw van deze allereerste huizen kwam letterlijk geen spijker te pas! Een mooie reconstructie van zo'n boerderij is te vinden bij het bezoekerscentrum Ilperveld.
De woonstalhuizen hadden behoorlijke afmetingen: vier tot zes meter breed en zo'n zestien tot negentien meter lang. Het woon- en slaapgedeelte werd verwarmd door een open vuur in een kuil in de grond, waarboven de kookpotten hingen. De rook trok weg door een gat in het dak. Op Marken was nog niet zo lang geleden in de houten huizen een zogenoemd 'kistluik' in gebruik. Een uitsparing in het rieten dak dat met een houten luik gesloten kon worden. Maar 's winters gaf het vee in de stal ook heel wat warmte af, zodat een wand tussen woon- en bedrijfsgedeelte oorspronkelijk ontbrak.
In de dorpen Broek in Waterland, Holysloot, Ransdorp en Zuiderwoude zijn nog houten woonstalhuizen te vinden. Sommige zijn wel zo'n vijfhonderd jaar oud. Er zijn verschillende redenen waarom men deze oude bouwwijze in ere hield. Waterland was eeuwenlang vrijwel uitsluitend via het water te bereiken, waardoor veranderingen in het bouwen uit andere regio's hier maar mondjesmaat doordrongen. Een belangrijke reden heeft te maken met de bodemgesteldheid. Veengrond heeft heel weinig draagkracht. De oudste stenen huizen zonken door hun gewicht dan soms ook tientallen centimeters in de grond weg. Er zat dan niets anders op dan de ondergrond op te hogen en het huis in zijn geheel omhoog te takelen. Op Marken zijn verschillende van deze 'woonhuisterpen' afgegraven, waaraan dit proces goed te volgen is. Het geringere gewicht van houten huizen was dan ook een belangrijke reden om hout als bouwmateriaal te gebruiken. Daarnaast spraken de belangen van de houthandel een belangrijk woordje mee. Ook was hout een culturele keuze: de bevolking hechtte aan dit bouwmateriaal. Natuurlijk hebben zich in de loop der eeuwen wijzigingen voorgedaan, vooral omdat in het woondeel 'luxe' zijn intrede doet: vaak is dit in twee of drie vertrekken verdeeld. Een belangrijke verandering heeft betrekking op de open haard. Het open vuur wordt op een gegeven moment uit het huis verbannen en de rook vindt zijn weg door een door het dak stekende schoorsteen. Vaak is dit één van de weinige stenen onderdelen van de huizen.
Houten huizen met rieten daken waren uiteraard bijzonder kwetsbaar voor vuur. In de steden hebben de bestuurders de bouw van houten huizen dan ook aan banden gelegd. In bijvoorbeeld Edam en Monnickendam was het omstreeks 1600 verboden om voor buitenwanden hout te gebruiken en moesten de daken van 'tegels' (gebakken dakplaten) samengesteld worden. In Edam is aan de Achterhaven nog één houten huis bewaard gebleven. Op het platteland bleef houtbouw voor huizen en boerderijen bestaan. De mooiste voorbeelden zijn te vinden in Broek in Waterland. Toen het daar omstreeks 1700 met de veeteelt minder ging en de boer handelaar werd, verbouwde men de ruimte voor het vee tot luxueuze woonruimtes, soms met prachtig beschilderde wanden. Houten visserswoningen zijn nog in grote getale te vinden op Marken en in Durgerdam.
