In de Noordkop was door overstromingen en doorbraken van de zee het landverlies rond 1300 op een dieptepunt beland. Berekeningen geven aan dat tussen de elfde en dertiende eeuw niet minder dan 70 % van het landoppervlak dat in 800 bestond, werd weggespoeld. Met de aanleg van dijken probeerden de bewoners verdere afbraak van het gebied te voorkomen. Kroon op de middeleeuwse dijkenbouw was de aanleg van de Hondsbossche Zeewering. Daar werd een begin mee gemaakt na de verwoestende Sint-Elizabethsvloed van november 1421, waarbij het dorp Petten met kerk en al in de golven verdween.
De kuststrook bij Camperduin en Petten was smal en daardoor kwetsbaar. Na de Sint-Elizabethsvloed van 1421 werd achter de duinen de Rijndijk aangelegd en naderhand een stuifdijk. Omdat een groot deel van Noord-Holland bij een nieuwe doorbraak van zee gevaar liep, bepaalde de overheid dat steden en dorpen in een groot gebied aan het dijkonderhoud moesten meebetalen. De duinenrij benoorden Camperduin was halverwege de vijftiende eeuw plaatselijk nog maar 30 meter breed.
In 1506 verliet de overheid het tot dan toe gevolgde systeem van wijken voor de zee. Niet langer werden alleen aan landzijde de bedreigde duinen met zand aangevuld. Er werd gekozen voor een actieve kustbescherming. Loodrecht op de kust werden strandhoofden aangelegd, imposante houten palenrijen van 85 meter lang en 3,5 meter breed, opgevuld met klei. De paalwerken werden naderhand steeds verder naar de zuidzijde uitgebreid, omdat daar de kustafslag bleef doorgaan. Geleidelijk tekende zich ook een betere organisatie van het dijkbeheer af. Landsheer Keizer Karel V stelde in 1555 een zelfstandig waterschap in, dat uitgroeide tot het Hoogheemraadschap van de Hondsbossche en Duinen tot Petten.
Toch waren de problemen niet voorbij. Bij de Allerheiligenvloed van november 1570 hield de zeewering het niet en brak aan de zuidzijde op drie plaatsen door. Opnieuw verdween een deel van Petten in de golven. In de eeuwen erna ging men weer over op de oude tactiek: het aanvullen van de binnenduinen. Tussen 1506 en 1792 moest in het totaal nog een 1200 meter brede kuststrook aan de zee worden prijsgegeven. Pas in 1792 kwam de zeewering definitief op zijn tegenwoordige plaats te liggen. In 1877 kreeg de dijk zijn zware buitenglooiing van basalt. In 1981 werd hij op Deltahoogte gebracht, 11,5 meter boven NAP. Een volgend versterkingsplan heeft ervoor gezorgd dat de dijk in 2015 verdwenen is onder 35 miljoen kubieke meter zand en omgedoopt tot de Hondsbossche Duinen. Waakzaamheid blijft nodig.
Het kustverlies elders in de Noordkop was met de aanleg van de Hondsbossche zeewering niet opgelost. Vooral het gebied bij Huisduinen had door de sterke getijdenbeweging in het Marsdiep van kustafslag te lijden. Tussen 1350 en 1600 week de kustlijn bij het dorp nog zeker vijf kilometer terug. De gevolgen voor de bewoners van Huisduinen met het buurtschap Helder waren dramatisch. Sommigen moesten hun behuizingen tussen 1550 en 1592 tot drie keer toe landinwaarts verplaatsen. Steeds werden achterwaarts nieuwe dijken aangelegd omdat het voorland was verdwenen. Vanwege de scheepvaart had Amsterdam er belang bij dat het Marsdiep met zijn gevaarlijke stromingen niet nog breder werd. De stad en de Staten van Holland financierden vanaf begin zeventiende eeuw de aanleg van strandhoofden, maar ook dat had maar een beperkt effect.