Op Oudejaarsdag 1637 gebeurde er in Bloemendaal iets wonderbaarlijks. Op het buiten van de Amsterdamse regent Allard Cloeck, het latere Meerestein, ontdekte knecht Aert Meesz bij het doorzagen van de stronk van een oude appelboom, ongewone patronen in het hout. Hij herkende in de zaagsneden het gezicht van de Heilige Maagd, de figuren van bisschoppen en monniken en van muziekinstrumenten die gebruikt werden bij de katholieke eredienst. Al gauw stroomden de nieuwsgierigen toe. Het wonder van de appelboom was voor rooms-katholieke Kennemers niet minder dan een bovenaards teken van hoop. Sinds in Holland de Hervorming was doorgevoerd en de protestanten het voor het zeggen hadden, was de openbare uitoefening van hun geloof verboden en moesten zij in het verborgene de mis horen. Landgoedeigenaar Cloeck, één van de stichters van de hervormde kerk van Bloemendaal, legde overigens de bezoekers geen strobreed in de weg. Hij zou zelfs naar goed Hollands gebruik entreegeld hebben geheven.
Nog geen eeuw eerder was de rooms-katholieke kerk in de Lage Landen de enige kerk. Maar er klonken groeiende protesten tegen de pracht en praal en de misstanden onder de geestelijkheid. Voorstanders van een kerkhervorming uitten steeds luidruchtiger hun ontevredenheid en gingen eigen godsdienstbijeenkomsten houden. De streng-katholieke koning Filips II van Spanje, heerser over de Nederlanden, probeerde de onrust de kop in te drukken door de protestanten meedogenloos te vervolgen. Tegelijk maakte hij zich bij gematigde groepen impopulair met het heffen van hoge belastingen en maatregelen om het landsbestuur te centraliseren. In 1566 richtten aanhangers van de Hervorming grote vernielingen aan in kloosters en kerken. Na deze 'Beeldenstorm' brak in het voorjaar van 1572 een gewapende opstand uit in een groot deel van de Hollandse steden. Politieke conflicten en religieuze tegenstellingen gingen onontwarbaar door elkaar lopen. Protestanten grepen in veel plaatsen de macht. Prins Willem van Oranje, de leider van de opstandelingen, riep op godsdienstige verdraagzaamheid. Maar zijn oproep werd al snel ingehaald door de gebeurtenissen. Filips II stuurde een groot leger om de rebellerende steden terug te brengen onder koninklijk gezag. In juli 1573 namen de Spaanse troepen Haarlem in, na een bloedig beleg van zeven maanden. Daarna sloegen zij het beleg voor Alkmaar. Net als in Haarlem hielpen mannen, vrouwen en kinderen mee om de stad te verdedigen. Maar bij Alkmaar wist Oranjes legercommandant met succes het omringende land onder water te zetten, door de dijken door te steken en de sluizen open te draaien. Begin oktober bliezen de Spanjaarden de aftocht. Het was de eerste belanrijke overwinning voor de opstandelingen - 'bij Alkmaar begon de Victorie'.
Toen de Spaanse troepen waren weggetrokken bleef Kennemerland verwoest achter. In Beverwijk stonden nog maar negen huizen ongeschonden overeind. Uitgeest was door Spaanse ruiters platgebrand. Elders was het niet veel beter. Waar de Spanjaarden niet hadden huis gehouden, hadden Oranjes stoottroepen, de geuzen, het karwei afgemaakt. Kastelen en kloosters, waaronder het trotse klooster van Egmond, waren met de grond gelijk gemaakt zodat de Spanjaarden ze niet als schuilplaats konden gebruiken.
De Opstand veranderde in een regelrechte vrijheidsoorlog die pas bijna tachtig jaar later eindigde, met de definitieve erkenning van Nederland als zelfstandig staat. Felle protestanten zagen de strijd als een godsdienststrijd. Overal werden de kerken gezuiverd van altaren en heiligenbeelden en ingericht voor de protestantse eredienst. De Sint Laurenskerk in Alkmaar kwam al in de zomer van 1572 in protestantse handen. De Sint Bavo op de Grote Markt in Haarlem trof hetzelfde lot tijdens een gewelddadige overval van protestanten op Sacramentsdag 1578. De katholieken mochten hun geloof niet meer in het openbaar uitoefenen. Ze werden gedoogd, maar moesten net als doopsgezinden en lutheranen hun diensten houden in schuilkerken en ze werden uitgesloten van overheidsfuncties.
Het betekende niet dat de nieuwe kerk in Kennemerland snel vaste voet aan de grond kreeg. In veel dorpen in de duinstreek waren rooms-katholieken rond 1800 nog altijd in de meerderheid. In Alkmaar was rond 1850 nog ruim 40 % van de bevolking rooms-katholiek. Ook in Haarlem bleven zij sterk vertegenwoordigd. In 1798 kregen alle geloofsrichtingen in Nederland formeel gelijke rechten. Maar pas 55 later zetelde er voor het eerst in bijna 300 jaar weer een rooms-katholieke bisschop in Haarlem.
