Na de Reformatie werd bij een kerkvisitatie in 1593 vastgesteld dat de kerk 'geheel woest lag'. Mogelijk is de eerste predikant Cornelis Jansen, die in dat jaar was afgezet, daaraan debet geweest.
Hij werd in datzelfde jaar opgevolgd door Hendrick Janszn Puydt, een even grote mislukkeling als zijn voorganger, maar dan op het menselijk vlak. Daarna komt in 1601 Gerrit Hendricksz. Bree, die de staat van zijn Gemeente 'ellendig' noemde.
Het vlotte nog niet echt met de toen nog Nederduits Gereformeerde Kerk want in 1619 werd de volgende predikant Johannes Nederlagius wegens remonstrantisme afgezet.
Onder Ds. Nicolaus Ketelius kwam de eerste structuur in de Gemeente door de instelling van een kerkenraad en het Heilig Avondmaal.