Volgens de overlevering zou Huizen in de tiende eeuw al een kapel hebben gehad, gewijd aan Sint Thomas. Even na 1380 werd begonnen met de bouw van een parochiekerk op de plek waar nu de Nederlands-Hervormde Oude Kerk staat. Deze kleine middeleeuwse dorpskerk, met enkele altaren, heiligenbeelden en een beschilderd plafond, kwam in 1409 gereed. Daarmee werd Huizen een zelfstandige parochie onder gezag van het bisdom Utrecht. De bevolking was katholiek, van een andere religie was nog geen sprake.
Aan het einde van de zestiende eeuw kwamen de inwoners van Huizen voor een omwenteling te staan: van het traditionele, katholieke volksgeloof naar de nieuwe protestantse religie. De eerste ketters in Huizen waren wederdopers, een vroege opstandige religieuze beweging die pleitte voor de volwassenendoop. Ergens in 1572 verliet de laatste katholieke pastoor Huizen om elders protestants predikant te worden, waardoor het dorp ruim twintig jaar zonder geestelijk leider zat. Tot overmaat van ramp stortte vijf jaar later het dak van de Oude Kerk in. Ondertussen gingen de omliggende plaatsen één voor één over tot de hervorming. Om dit te stimuleren, verbood de baljuw van Gooiland in 1581 het openbaar uitoefenen van de katholieke eredienst.
Toch duurde het na dit verbod nog meer dan tien jaar voordat er een redelijke groep protestanten in Huizen gevormd was. Pas in 1595 kreeg Huizen zijn eerste predikant, die tot 1605 gedeeld werd met Blaricum. De Oude Kerk werd aan de binnenzijde versoberd volgens de nieuwe geloofsovertuiging. In 1637 kon eindelijk het dak hersteld worden, dankzij forse steun van Amsterdam. Zo gingen langzamerhand vrijwel alle Huizers over tot het nieuwe geloof. In tegenstelling tot de andere Gooise dorpen, zouden katholieken hier nooit meer de overhand krijgen. Hierdoor heeft het protestantse geloof een beslissende stempel kunnen drukken op de identiteit van Huizen.
