Dordrecht had al langer te kampen met geloofsperikelen. De protestante kunstschilder Jan Woutersz. van Kuyk en Adriana Jansdr. van Molenaarsgraaf werden op 28 maart 1572 te midden van een menigte ter hoogte van de huidige Hoge Nieuwstraat terechtgesteld.
Cornelis van Beveren hing het protestantse geloof al geruime tijd heimelijk aan en bezat een gereformeerde bijbel, die in 1535 in Antwerpen was gedrukt.
Het was de tijd van rooms bestuur, Inquisitie en plakkaten. Van Beveren was zich er terdege van bewust dat hij en zijn gezin gevaar liepen als de bijbel door schout Jan van Drenckwaert zou worden gevonden. Deze speurde in die tijd fanatiek naar ketters. Bij onraad verstopte Van Beveren het boek in de schoorsteen van zijn huis aan de Wijnstraat. Deze 'schoorsteenbijbel' is al die eeuwen in de familie bewaard gebleven en werd in 2017 teruggevonden.
Van Beveren zou de eerste gereformeerde burgemeester van Dordrecht worden.
Watergeuzen
Op 23 juni 1572 lagen de watergeuzen met hun vloot bij Papendrecht met het doel om Dordrecht in te nemen. Cornelis van Beveren werd afgevaardigd om, vergezeld door de dekens van de gilden, met hen te onderhandelen. Na een overeenkomst om niet te plunderen kwamen de watergeuzen op 25 juni de stad binnen. Een dag later al namen ze Gorinchem in, waar negentien katholieke geestelijken gevangen werden genomen. De geestelijken werden overgebracht naar Brielle. Bij een tussenstop in Dordrecht kon de menigte zich tegen betaling aan de gevangenen vergapen. Nadat ze op beestachtige wijze waren mishandeld, werden deze 'Martelaren van Gorcum' bij Brielle in een turfschuur vermoord. Het bevel van Willem van Oranje om de geestelijken vrij te laten, werd genegeerd door de aanvoerder van de watergeuzen, Willem van der Marck, heer van Lumey.
Geheime Statenvergadering
Van 19 tot en met 23 juli vond in Dordrecht een geheime Statenvergadering plaats met elf andere Hollandse steden, met Marnix van St. Aldegonde, afgezant van Willem van Oranje en Lumey. Er werd besloten dat de steden van Holland Willem van Oranje zouden beschouwen als rechtmatig stadhouder van koning Filips II, aan wie nog steeds trouw beloofd werd. Men sprak zich echter wel uit tegen het bewind van de Spaanse landvoogd Alva, dat als onrechtmatig beschouwd werd, en zegde de prins van Oranje financiële steun toe bij de strijd. Op verzoek van de prins werd ook vrijheid van godsdienst expliciet als doelstelling benoemd. De geuzen bleven de katholieken echter vervolgen, waardoor daadwerkelijke godsdienstvrijheid op zich liet wachten. Dat deze vergadering heeft plaatsgevonden in de refter van het Augustijnenklooster, is een aanname, gebaseerd op het boekwerk Beschryvinge der stad Dordrecht van Matthijs Balen, dat uit 1677 dateert.
Onmacht
Cornelis van Beveren heeft Willem van der Marck herhaaldelijk scherp aangesproken op diens gebrek aan verdraagzaamheid en de moord op de negentien geestelijken. Tijdens een van deze gesprekken kreeg de burgemeester een toeval en viel hij, tot schrik van Lumey, ‘in onmacht ter aarde’. Nadien kreeg Van Beveren meer van dergelijke toevallen, vooral wanneer hij heftig geëmotioneerd was. Zo'n toeval zou in 1586 in het Dordtse Stadhuis tot zijn dood leiden.
