IJsselstein heeft van een boerendorp tot een stedelijke samenleving kunnen uitgroeien dankzij een aantal gunstige factoren: de ontginningen van het gebied van de Lopikerwaard, de bedijkingen van de Lek, en de aanleg van de Vaartse Rijn (1122) en de Nieuwe Vaart (1288). Dat waren voldoende redenen voor de Van Amstels, en later de Van Egmonds, om zich in dit gebied te vestigen. Zij krijgen vanaf 1279 Utrechtse (Stichtse) en Hollandse rechten en gronden in leen, en weten hun positie op slimme wijze te verbeteren door de graven van Holland en de bisschoppen van Utrecht tegen elkaar uit te spelen. Een aantal van deze rechten en gronden zou IJsselstein gaan vormen, inclusief die van Eiteren, Over de IJssel en Opburen.
Omstreeks 1310 laat Gijsbrecht van Amstel nabij het kasteel de (oude) Sint-Nicolaaskerk bouwen. Daarnaast schenkt de bisschop van Utrecht in 1310 aan IJsselstein het recht om drie vaste jaarmarkten te houden, wat een stimulans voor de (locale) economie betekent. De combinatie van het stichten van een kerk en het verlenen van het recht tot het houden van markten, duidt erop dat er sprake is van een doelbewuste verheffing van een dorp tot een stad. Hoewel niet bekend is wanneer er stadsrechten zijn verleend, vormen deze twee kenmerken de basis voor IJsselstein als stad. IJsselstein is genoemd naar het kasteel van de Van Amstels en de IJssel: het stein (kasteel) aan de IJssel, IJsselstein.
IJsselstein is een zogenaamde heerlijkheid: een zelfstandige enclave in het bezit van de Van Amstels. Als zodanig had IJsselstein bepaalde soevereiniteitsrechten zoals op het gebied van belasting en asielverlening. In 1354 krijgt Arnoud van Amstel (zoon van Gijsbrecht) van de graaf van Holland de titel van baron. De heerlijkheid IJsselstein mag vanaf nu de naam baronie voeren.
Nadat IJsselstein in 1363 in handen is gekomen van de Van Egmonds, versterkt Arnoud II van Egmond in 1390 de stad met muren en verdedigingstorens. Er worden ook twee stadspoorten gebouwd, de IJsselpoort aan de noordkant en de Benschopperpoort aan de zuidkant van de stadswallen. Hiermee kan definitief van de stad IJsselstein worden gesproken.
