Een schok van verbijstering ging door het dorp toen in de ochtend van 16 mei 1940 Duitse troepen Huizen binnentrokken. Vijf jaar lang bleven ze in het dorp gelegerd, waar ze gebouwen vorderden, schietoefeningen hielden en persoonlijke bezittingen in beslag namen. Al dit ongemak verbleekte echter bij het lot dat de Joodse Huizers ten deel viel. Met het toenemen van anti-Joodse maatregelen, zoals het dragen van de Davidster, werd het Duitse plan langzaam duidelijk. Joodse burgers werden via Westerbork systematisch naar concentratiekampen weggevoerd.
Sommige Huizers besloten deze situatie niet af te wachten en kwamen in verzet tegen de bezetter. De gereformeerde predikant Jan Snoeij kan als de grondlegger van het verzet in Huizen worden gezien. Hij bracht verschillende jongelui bij elkaar, die later de kern van het gewapend verzet zouden vormen. Spoedig ontstonden er vier verzetsgroepen in het dorp, als plaatselijke afdelingen van landelijke organisaties: de Binnenlandse Strijdkrachten (B.S.), de Landelijke Organisatie voor hulp aan onderduikers (L.O.), de sabotagegroep (de kern van het gewapend verzet) en de Illegale Pers (voor het drukken en verspreiden van verboden leesmateriaal). Tezamen waren ze verantwoordelijk voor gewaagde verzetsacties, waaronder brandstichting in een opslagplaats van radiotoestellen en een overval op een distributiekantoor om bonnen voor onderduikers te bemachtigen. Maar ook voor het beschermen van de PHOHI-zendmasten, de haven en de gasfabriek tegen Duitse wraakacties. Huizen stond bekend als een enorm Oranjegezind dorp, waar velen met het verzet sympathiseerden. Er waren dan ook geregeld anti-Duitse leuzen op muren en schuttingen te lezen.
Vooral de laatste periode van de oorlog was zeer zwaar. Tijdens de Hongerwinter van 1944-1945 was er een nijpend tekort aan voedsel en brandstof. De dorpsbewoners trokken er massaal op uit om bomen te kappen in de Naarder Eng, de Zuider Eng en het Bikberger Bos. Groot was dan ook de opluchting toen in de avond van 4 mei 1945 bekendgemaakt werd dat de Duitsers gecapituleerd hadden. De ontlading na vijf lange oorlogsjaren vertaalde zich in uitbundige bevrijdingsfeesten. Er werd gedanst rond de muziektent op het Oude Raadhuisplein en er werden erepoorten opgericht, gemaakt van betonijzer dat bij de PHOHI-zenders lag voor de bouw van bunkers. De burgermeester werd geschorst, ‘moffenmeiden’ werden kaalgeschoren en NSB’ers in interneringskampen geplaatst, zoals Kamp Almère. De verzetsstrijders werden in de zomer van 1945 gehuldigd voor hun inzet voor volk en vaderland. In 1947 kwam er een herdenkingsmonument voor oorlogsslachtoffers, dat nog altijd aan het Prins Bernhardplein staat. Opdat wij niet vergeten.
