Overstromingen waren eeuwenlang een terugkerend verschijnsel in het waterrijke Nederland. Dankzij de hoge ligging ver van de kust zijn ernstige overstromingen Huizen bespaard gebleven. De watersnoodrampen van 1861 en 1916 hebben echter indirect een groot stempel gedrukt op de geschiedenis van het dorp.
In de winter van 1860-‘61 lieten dijkdoorbraken van de Maas en Waal de hele Bommelerwaard onderlopen. Koning Willem III bracht persoonlijk een bezoek aan de slachtoffers en spaarde kosten noch moeite om hen te helpen. Als waardering voor zijn hulp en medeleven vatte de Utrechtse lekentheoloog Jean Louis Bernhardi het idee op om hem een nationaal huldeblijk aan te bieden: een prachtig bewerkte ‘Watersnoodbijbel’. Met geld dat overbleef van de donaties voor het huldeblijk, aangevuld met collectes, kon Bernhardi in 1868 het Oranje Weeshuis in Huizen openen, voor de arme wezen van het dorp. Dit monumentale gebouw staat nog altijd vlakbij de Oude Kerk, hoewel het zijn functie als weeshuis heeft verloren.
Na de overstroming in de Bommelerwaard was het de Zuiderzee die een ernstige ramp veroorzaakte. In de stormnacht van 13 op 14 januari 1916 braken de dijken op verschillende plekken door. Een groot deel van Noord-Holland kwam onder water te staan en er waren overstromingen in het Eemgebied en langs de Gelderse en Overijsselse Vecht. In Huizen bleef de schade beperkt tot enkele woningen langs de haven. Beelden van de ramp gingen het hele land door en de roep om afsluiting van de levensgevaarlijke Zuiderzee werd steeds groter. Daarom werd in 1918 de Zuiderzeewet van Cornelis Lely aangenomen, waarin besloten werd tot de aanleg van de Afsluitdijk en inpoldering van de Zuiderzee. In Huizen luidde dit vooruitzicht het einde van de visserij in en daarmee van een leefwijze die sinds de zeventiende eeuw met het dorp verbonden was geraakt.
