De Frankische edelman Ansfried, graaf van Hoei, en zijn vrouw Hereswint, besloten al enkele jaren na hun huwelijk om hun leven aan God te wijden. Ansfried stichtte voor zijn vrouw een klooster in Thorn waar hun dochter Benedicta abdis werd. Zelf werd hij in 995 aangesteld als bisschop van Utrecht. Rond het jaar 1000 stichtte hij een klooster op de Hohorst of Heilige Berg bij Amersfoort, waar hij regelmatig verbleef. Dit klooster groeide uit tot de Paulusabdij. Ansfried werd blind, maar dat verhinderde hem niet om zijn taken als bisschop uit te oefenen en daarnaast ook zieken te verplegen. Hij stierf in 1010 in op de Hohorst. Zijn opvolger Adelbold schonk de Paulusabdij veel land, wat de basis werd voor de rijkdom van deze abdij. In 1027 benoemde koning Koenraad een nieuwe bisschop van Utrecht: Bernold. Bernold begon in 1039 met de bouw van nieuwe kerken in Utrecht, de Pieterskerk en de Janskerk. Hij wist de monniken van de Paulusabdij ervan te overtuigen dat zij zich beter in Utrecht konden vestigen.
In 1050 werd de kerk van de nieuwe Paulusabdij ingewijd. De monniken leefden volgens de regel van Benedictus. In 1469 sloot de abdij zich aan bij de Congregatie van Bursfelde, een hervormingsbeweging die het kloosterleven meer verdieping en eenvoud probeerde te geven. Met de Reformatie en de Beeldenstorm in 1580 kwam het einde voor de Paulusabdij in zicht. Na het overlijden van de abt in 1584 werd de abdij opgeheven.