In 1672 en 1674 voltrokken zich twee grote rampen in Utrecht. Ze lieten de stedelingen berooid en gedesillusioneerd achter. De eerste werd veroorzaakt door de mens. Op 23 juni 1672 verscheen een Franse legereenheid onder bevel van kolonel De Rochefort voor de Wittevrouwenpoort. Drie maanden daarvoor had Engeland de oorlog aan de Republiek verklaard, kort daarop gevolgd door Frankrijk en Münster en Keulen. Op 12 juni stak een enorm leger van 130.000 man met koning Lodewijk XIV aan het hoofd de Rijn over. Het Staatse leger was daar niet tegen opgewassen en trok zich terug achter de Hollandse Waterlinie. Die lag ten westen van Utrecht en de Domstad bleef onbeschermd achter.
Er zat voor het stadsbestuur niet veel anders op dan op die 23ste juni de stadssleutels aan de Fransen over te dragen. De bezetting bracht Utrecht aan de rand van de financiële afgrond, want de Fransen eisten enorme geldbedragen. Bovendien moest een ingekwartierd leger van ongeveer 8.000 man worden onderhouden. Hoewel de Fransen beloofden dat de uitoefening van de gereformeerde religie niet zou veranderen, werd de Domkerk op 9 juli in gebruik genomen voor de katholieke eredienst. Daarbij werd de preekstoel uitgebroken en gegeseld.
Het eind van de bezetting kwam echter sneller dan verwacht, vooral doordat Michiel de Ruyter op zee de overmacht hield ten opzichte van de Engelse en Franse vloten. Toen de Fransen op 23 november 1673 uit Utrecht vertrokken, eisten zij nog eens 450.000 gulden. Met veel moeite werd 250.000 bij elkaar geschraapt. Om ervoor te zorgen dat de resterende twee ton ook kwam, werden er veertien gijzelaars meegenomen. Die keerden pas in april 1674 terug nadat al het geld was betaald. Zodra de Fransen op die novemberochtend verdwenen, werd er uitbundig feestgevierd. De Dom werd weer protestant en alle beelden en altaren verbrand. Maar het feest was van korte duur, want toen de soldaten van het Staatse leger arriveerden, bleek dat de Utrechters van verraad werden beschuldigd. Ze hadden zich, zo vond men, te gemakkelijk overgegeven in juni 1672. De stad werd onder militair gezag geplaatst en het zou nog maanden duren voordat ze weer mee mocht praten in het bestuur van de Republiek.
Nog maar nauwelijks bekomen van deze ellende deed de volgende ramp zijn opwachting. Dit keer was het de natuur die toesloeg. Op de avond van 1 augustus 1674 veranderde een tornado de stad in een kwartier tijd in een ongelofelijke puinhoop. Daken werden afgerukt, torenspitsen knakten als luciferhoutjes, gevels werden neergesmeten en bomen werden met wortel en tak uitgerukt. Het schip van de Dom, de kerk van het Duitse Huis, de kap van de Buurkerk en de spitsen van de Pieterskerk en Jacobitoren sneuvelden in het natuurgeweld. Weken later lagen de straten nog steeds vol puin. Door de enorme betalingen aan de Fransen was er maar nauwelijks geld beschikbaar om de schade te herstellen. De stad kwam er dan ook maar langzaam bovenop.
Het Domkapittel verkeerde in geldnood en zag geen kans om de ingestorte kerk te repareren. Pas na veel druk vanuit het stadsbestuur werd in 1676 het dak gedicht. Een jaar later werd het overgebleven deel van de kerk dichtgezet. De kosten ervan werden grotendeels betaald door materialen van het ingestorte schip te verkopen, zoals natuursteen en koper. Ook de stad zelf droeg bij. De overgebleven schipruïne werd met een muur hermetisch van de buitenwereld afgesloten en pas in 1826 opgeruimd.
