Kort nadat Utrecht in 1122 stadsrecht kreeg, vestigde het nieuwe stadsbestuur zich in een gebouw ter plaatse van de hedendaagse Buurtoren. Dat bestuur bestond uit een schout en schepenen. In 1196 kregen de Utrechtse burgers meer invloed op het bestuur, omdat naast de schout en de schepenen een raad werd opgericht. Die raad kwam bijeen in het Schoonhuis tussen de Oudegracht en de Steenweg.
In 1343 werd het oude schepenhuis gesloopt en vertrokken de schepenen naar huis Hasenberg, op de plek van het huidige stadhuis aan de Stadhuisbrug. Raad en schepenen kwamen daarmee ongeveer 100 meter van elkaar af te zitten. In 1520 werd Hasenberg geheel verbouwd en kreeg het een prachtige representatieve gevel in gotische stijl.
Toen in 1528 keizer Karel V de macht in Utrecht overnam, wilde hij een modern stadsbestuur dat op één plek was gevestigd. Hiervoor werden de huizen Klein en Groot Lichtenberg aangekocht, die direct naast Hasenberg stonden, zodat de raad ook naar de Stadhuisbrug kon vertrekken. De drie huizen werden samengevoegd. Het was de bedoeling dat voor alle drie dezelfde gevel werd gebouwd, maar alleen Hasenberg kreeg in 1546 een prachtige renaissancegevel, ontworpen door Willem van Noort. In 1649 werd het stadhuis naar achteren toe uitgebreid en kreeg het aan de zuidzijde een mooie nieuwe gevel die uitkeek over de Vismarkt.
In 1811 werden op last van keizer Napoleon Bonaparte de rechtspraak en het stedelijk bestuur gescheiden en ontstond het moderne stadsbestuur, bestaande uit een college van B&W en een gemeenteraad. Hij introduceerde ook de burgerlijke stand en de dienstplicht. Voor al die nieuwe taken waren meer ambtenaren nodig. In 1823 werd besloten een groter stadhuis in neoclassicistische stijl te bouwen. In het nieuwe stadhuis, dat in 1830 klaar was maar in 1848 sterk werd uitgebreid, vonden alle Utrechtse ambtenaren onderdak. De stad bleef in de negentiende eeuw sterk groeien en het ambtenarencorps groeide mee. Alle huizen naast het neoclassicistische stadhuis werden daarop gekocht en in gebruik genomen. In 1939 werd aan de Ganzenmarkt een nieuw gebouw neergezet voor Burgerzaken. Desondanks raakten de ambtenaren steeds meer over de stad verspreid. Pogingen om iedereen bij elkaar te laten zitten, liepen op niets uit.
In 2000 werd het oude stadhuis verbouwd naar een ontwerp van de Spaanse architect Enric Miralles. De ingang werd verplaatst van de Stadhuisbrug naar de Korte Minrebroederstraat, waar een stadhuisplein ontstond. Dat verbouwde stadhuis was echter niet bedoeld om alle ambtenaren te kunnen huisvesten. Dat was wel het geval bij het nieuwe stadskantoor bij het Centraal Station dat in oktober 2014 is geopend. Ook het college van B&W is naar dat stadskantoor verhuisd, maar niet de gemeenteraad. Daarmee zit, na bijna 500 jaar, het Utrechtse stadsbestuur weer op twee verschillende locaties…