In het begin van de Tweede Wereldoorlog zijn er Duitse parachutisten geland op de daken van de paviljoens, die dachten dat ze op het vliegveld Ypenburg waren. Het kostte moeite ze van het terrein te verwijderen.
De bezetting was in de periode dat dr. W. Beijerman geneesheer-directeur was. Hij werkte samen met het Delftse verzet. Er waren onderduikers die zich als verpleegster/verpleger of patiënt vermomd hadden bij razzia's. Dat was gevaarlijk, want niet iedereen van het personeel was te vertrouwen. Periodiek aftredende bestuursleden werden vervangen door NSB-ers. In totaal zijn dat er drie geweest.
Op 19 mei 1942 werden twee patiënten gedood en vier patiënten gewond door verdwaalde granaatscherven van een Duits vliegtuig dat boven de buitenafdeling vloog.
Op 4 en 5 maart 1943 was er een razzia en werden tenminste zes Joodse patiënten weggevoerd van wie later niets meer is vernomen.
In de oorlog stierven meer patiënten dan normaal als gevolg van tuberculose, schurft en ondervoeding. Tijdens de hongerwinter was er aan alles gebrek. Van 1 januari tot 1 juni 1945 stierven 110 patiënten.
Ontleend aan "Van Koningsplein tot Lazarusklap", pagina 134-137
