Op 2 februari 1598 werden in Borne op last van drost Johannes van Voorst de altaren en beelden uit de kerk gebroken. De gereformeerde of calvinistische godsdienst kreeg de overmacht. Borne had al eerder kennis gemaakt met deze hervormingsbeweging. Anna van Welvelde was getrouwd met de overtuigde lutheraan Sweder Schele van Schelenburg. Hun zoon Christoffer Sweder Schele (1529-1606) voerde in Borne de nieuwe leer in. Niet dat hij te vuur en te zwaard de nieuwe godsdienst oplegde, want hij was voorstander van de regel die in diverse landen al gold: wiens land, diens godsdienst. Na de reformatie van 1598 kreeg de gereformeerde kerk een bevoorrechte positie en werd de openbare uitoefening van andere godsdienstige gezindten verboden. De zoon van Christoffel, Sweder II, bleef niettemin zijn lutherse geloofsovertuiging op havezate Het Weleveld trouw. Uiteindelijk kreeg vooral een andere protestantse groepering in Borne, naast de Calvinistische stroming voet aan de grond: de doopsgezinden.
De doopsgezinde gemeente
Doopsgezinden koesteren het ideaal van een leven van soberheid en zuiverheid in navolging van de eerste christengemeenten, een erg streng levensideaal. De eerste (oudste) benaming van deze godsdienstige richting is wederdopers, zo genoemd vanwege het dopen van volwassenen in plaats van kinderen. De naam is nu in onbruik geraakt. Ook werden de doopsgezinden wel Mennonieten genoemd, naar Menno Simons. Hij stond een vredelievende richting voor. Tegenwoordig is de algemene benaming in Nederland doopsgezinden.
Oudste Hulshoff
De eerste bekende doopsgezinde inwoner van Borne, Hulshoff (voor het eerst genoemd in als medeondertekenaar van een verweerschrift tegen Rovenuis in 1622), was eigenaar van erve De Paaschen en erve Hulshoff in Zenderen. De doopsgezinde diensten werden in erve De Paaschen gehouden aan de huidige Lidwinaweg 21. Genoemde Hulshoff leefde volledig naar zijn leer: hij was eenvoudig gekleed en gehuisvest, zonder schilderijen aan de muur bijvoorbeeld. Ook onthield hij zich van tabaksgebruik. Als "oudste" was hij gerechtigd om mensen te dopen en huwelijken te sluiten. Uiteraard werd alleen binnen de gemeenschap zelf getrouwd. Hulshoff zag met lede ogen aan dat zijn medekerkleden verwereldlijkten en steeds luxer gingen leven.
Vermaning
In 1724 bouwden de doopsgezinden een schuurkerk op de hoek van de Ennekerdijk en de Brinkstraat. Honderd jaar later, toen de oude schuurkerk niet meer voldeed, werd de eerste steen gelegd voor een nieuwe kerk of vermaning aan de Ennekerdijk. De Bataafs-Franse tijd had volledige vrijheid van godsdienst gebracht en ook de doopsgezinden hoefden hun erediensten niet meer in schuren of huiskamers te houden. De nieuwe doopsgezinde kerk werd met een sobere uitstraling gebouwd, zoals ook de doopsgezinde huizen in Borne eenvoudig gebouwd waren. In 1866 maakte de lekenvoorganger plaats voor een gestudeerde dominee. In 1884 bouwde Carl Haupt een pijporgel in de kerk en er kwam een echte preekstoel. Maar de kerk behield tot op de dag van vandaag een ingetogen karakter. Het avondmaalservies is van eenvoudig tin gemaakt, net als het doopbekken.