Eind juli 1572 koos de stad Delft in de opstand tegen Spanje de zijde van de prins van Oranje en vanaf die dag veranderde de Delftse maatschappij drastisch. De een na de andere rooms-katholieke instelling werd opgeheven en gesloten. Vóór 1572 waren de Heilige- Geestmeesters belast met de armenzorg voor behoeftige parochianen. De diaconie van de gereformeerde kerk nam die taak over. De armoede in de stad nam toe, vooral als gevolg van de aanhoudende vluchtelingenstroom uit Frankrijk en de Spaanse Nederlanden. Steeds vaker moesten de diakenen aankloppen bij het stadsbestuur om financiële ondersteuning.
In 1597 richtte de stad de Kamer van Charitate op (charitas = liefdadigheid) om de problemen samen met de diaconie van de gereformeerde kerk aan te pakken. De armenzorg werd beperkt tot inwoners van de eigen stad. De Kamer werd gevestigd in het Prinsenhof. De regentenkamer, waar de bedeling plaatsvond, heet nog steeds Kamer van Charitate. Na enkele hervormingen kreeg de Kamer in 1614 haar definitieve vorm. Vanaf dat jaar moesten zes door het stadsbestuur aangestelde meesters van charitate naast de zes diakenen met elkaar voor voldoende inkomsten zorgen en de bedeling organiseren. De stad steunde de Kamer met opbrengsten van allerlei belastingen. De armen werden in categorieën verdeeld, die ieder op een aparte dag bij de regenten hun bedeling konden halen.
De Kamer van Charitate had meer taken. Zo zorgden de regenten voor onderwijs voor kinderen van armen en ambachtslieden, hielden ze toezicht op ambachtsmeesters die leerjongens in dienst hadden om te voorkomen dat deze kinderen werden uitgebuit, en sinds 1614 hadden ze ook de zorg voor de verpleegden in het leprooshuis. Ook in de zorg voor bejaarden die niet meer zelfstandig konden wonen, waren ze actief. In 1653 richtten zij in een gedeelte van het Prinsenhof een bestedelingenhuis op, waar bejaarde, alleenstaande vrouwen konden worden opgenomen. Tot die tijd werden deze bejaarden, evenals zieken en jonge kinderen, op kosten van de Kamer ondergebracht bij particulieren in de stad.
De Kamer was wel de belangrijkste maar niet de enige sociale instelling: in 1578 was er in het Sint-Barbaraklooster aan de Oude Delft al een weeshuis opgericht, bestemd voor alle kinderen, ongeacht hun geloof. Verder was er nog het Meisjeshuis, dat meer eisen stelde aan de opname van bewoonsters, enkele gasthuizen (het Oude Gasthuis, later gecombineerd met het Pesthuis of Nieuwe Gasthuis) en het Sint-Jorisgasthuis voor psychiatrische patiënten. Psychiatrische patiënten uit betere families werden in de zeventiende eeuw ondergebracht in verbeterhuizen. Dat waren particuliere pensions, waar de patiënten hun eigen kamer hadden, maar in feite gevangen zaten. De burgemeesters moesten altijd toestemming geven voor zo’n confinement (opsluiting). In de achttiende eeuw richtte de katholieke gemeenschap eigen tehuizen in voor hun geloofsgenoten. Na de invoering van de Armenwet in 1854 werd de Kamer van Charitate in 1862 opgeheven.
