‘Dit bovenstaende werck, Vertoont den brant der kerck’, zo staat te lezen op het wandbord over ‘Den Brant van de Kerck’. In dichtvorm is beschreven wat er precies gebeurd is op de avond van 12 januari 1552.
Het is noodweer; een bui met storm, hagel en veel bliksem trekt over de stad. Ook dreigt het water: de rivierdijken zijn namelijk doorgebroken. De stad is in rep en roer, de burgers denken dat het einde der tijden is aangebroken. Het duurt niet lang of de bliksem slaat in de toren van de Sint-Jan. Door de hitte van het vuur begint het lood te smelten. Langzaam druppelt het naar beneden, blussen is veel te gevaarlijk. Machteloos staan de inwoners van Gouda toe te kijken hoe hun toren verbrandt. De klokkenstoel in de toren kan het gewicht van de zware klokken niet meer dragen. Met veel geraas vallen ze naar beneden, alleen de klok Gabriël blijft heel. De harde wind wakkert ondertussen de vlammen nog meer aan. De stedelingen, die zoveel mogelijk waardevolle spullen uit de kerk proberen te halen, moeten snel de kerk verlaten. Gelukkig zijn onder andere de belangrijke documenten van het stadsbestuur, die in de Sint-Jan waren opgeslagen, en de altaarstukken gered. Alles wat van hout is vat vlam, pilaren vallen om of worden ernstig beschadigd en ook de glas-in-loodramen verbranden of vallen kapot. Alleen de delen van de kerk van steen, zoals het koor, blijven intact.
Toch overheerst de opluchting. De brand van de kerk veroorzaakt namelijk een vonkenregen die kleine deeltjes vuur doet landen op de rieten daken van de Goudse huizen. Als door een wonder vliegen deze huizen niet in brand; de stad blijft gespaard.
De kerkbrand heeft grote gevolgen voor het beleid van de stad Gouda op het gebied van brandpreventie. Rieten daken zijn vanaf dat moment definitief verboden. Het is niet de eerste regel met betrekking tot brand die het stadsbestuur uitvaardigt. De huizen – die grotendeels van hout en ander brandbaar materiaal gemaakt zijn – zijn immers licht ontvlambaar. Daarom moet er bijvoorbeeld als het erg heet is in de zomer in elk huis een gevulde emmer water binnen handbereik zijn en een ladder opgesteld staan tegen het huis. In de winter moeten een aantal mannen op vastgestelde tijden gaten in het ijs hakken, zodat er altijd snel toegang is tot water. Op de toren is een torenwachter met een trompet aanwezig, die bij brand een speciale melodie als teken blaast.
De Goudenaren beginnen al snel aan de wederopbouw van de Sint-Jan. Het stadsbestuur benoemt een nieuwe bouwmeester, Cornelis Fredericksz van der Goude. Hij heeft de supervisie over de herstelwerkzaamheden aan de kerk. Onder zijn leiding verandert de aanblik van de Sint-Jan zowel binnen als buiten ingrijpend. De stad begint ook een campagne om de verloren gegane glazen te vervangen. Nog in hetzelfde jaar draagt men weer de mis op in het koor van de Sint-Jan.
