[Prins Willem van Oranje, de leider van de opstand tegen de Spanjaarden komt op 14 oktober 1572 te middernacht in Zwolle aan] Geen comité van ontvangst stond hier voor hem gereed. 't Getal zijner aanhangers was hier gering; 't volk kende de Prins niet. 't Is zelfs de vraag of het wel tot het volk is doorgedrongen wie hier in hun midden vertoefde; geen heugenis is aan dit prinselijk bezoek bewaard. Reisde hij incognito? [Vries, Th.J. de, Geschiedenis van Zwolle (Zwolle 1954)].
In die eerste jaren van de Tachtigjarige Oorlog was het enthousiasme van de Zwollenaren voor het eerste en laatste bezoek van de Vader des Vaderlands aan de stad klaarblijkelijk niet erg groot. En enthousiasme voor de opstand tegen de Spaanse landsheer viel ook in de daaropvolgende jaren nauwelijks te bespeuren. De houding van het stadsbestuur in deze jaren kenmerkte zich door opportunisme en verdraagzaamheid. Het was opportunistisch door politieke keuzes te laten afhangen van het economisch belang voor de stad. Het was verdraagzaam door oplopende spanningen tussen de aanhangers van het oude katholieke geloof en die van het nieuwe protestantse geloof in toom te houden.
Zwolle was de oorlog met grote tegenzin ingegaan. Het liefste
wilde het stadsbestuur alles bij het oude laten. De stad wilde zich
wel onderwerpen aan het centralistische bestuur van de landsheer,
de Spaanse koning Filips II, maar ook waar het maar even mogelijk
was vasthouden aan haar eeuwenoude privileges. Elke verstoring van
de oude rechten en gebruiken kon de economische belangen van de
stad immers schade toebrengen.
Door druk van binnenuit en van buitenaf waren keuzes door het
stadsbestuur echter onontkoombaar. In Zwolle zelf roerden de
prinsgezinde protestanten zich. Eerst hielden ze hun bijeenkomsten
nog in besloten kring, maar gaandeweg kwamen ze openlijk voor hun
religieus-politieke voorkeur uit. Al in december 1566 braken ze de
Onze Lieve Vrouwekerk open om daar de eerste openbare protestantse
diensten te houden. Dit werd vrij snel daarna door het stadsbestuur
weer verboden, maar vanaf die tijd gaven ze de protestanten in de
stad volop gelegenheid zich verder te organiseren. Met name na 1600
namen binnen het stadsbestuur steeds meer protestanten de plaats in
van de katholieke leden.
Maar ook gebeurtenissen buiten Zwolle dwongen het stadsbestuur
stelling te nemen. Toen in 1571 rondzwervende geuzen de kerk van
Mastenbroek plunderden, leek het stadsbestuur ervan overtuigd dat
de prinsgezinde opstandelingen weinig goeds konden brengen. Maar
toen 1 jaar later diezelfde prinsgezinden Zutphen, Kampen en andere
nabije plaatsen veroverden, opende het nerveus geworden
stadsbestuur zonder slag of stoot de poorten voor hen. Nauwelijks 1
jaar later veranderde het stadsbestuur weer van politieke kleur
toen de Spanjaarden Zutphen terugveroverden en de staatse troepen
Zwolle in allerijl hadden verlaten. De Zwollenaren smeekten daarop
de Spaanse aanvoerder om vergiffenis.
Deze wankelmoedige houding hield het stadsbestuur zelfs nog even
vol na de Beeldenstorm die op 15 juni 1580 in Zwolle plaats vond.
Het prachtige interieur van de St. Michaëlskerk werd vernield en
leeggeroofd door prinsgezinden. De niet uit Zwolle afkomstige
geuzen staken vuren aan op de Grote Markt en verbrandden daar tal
van katholieke attributen. Toen in 1581 de noordelijke Nederlanden
de Acte van Verlatinghe (de afzwering van Filips II als
landsheer) opstelden, schitterden de Zwollenaren door afwezigheid
en ondertekenden dus niet. Het stadsbestuur beweerde dat Zwolle
zonder toestemming van de Hanze en het Duitse Rijk de eed van trouw
aan de koning van Spanje niet kon opzeggen. Pas toen rond 1587 de
kansen op een verzoening met Filips II vervlogen waren, koos Zwolle
definitief voor de jonge Republiek.
Schoorvoetend trok Zwolle de banden aan met de Staten-Generaal in
Den Haag. Pas aan het eind van de 16de eeuw was het stadsbestuur
door de dreigende oorlogssituatie bereid iets van zijn gezag in te
leveren. In 1606 ging Zwolle akkoord met het tijdelijk stopzetten
van de stedelijke munt, om ruimte te maken voor een landelijke
heffing op goederen ten bate van het staatse leger. In ruil
daarvoor kreeg Zwolle een subsidie van 6.000 gulden voor de
fortificatie van de stad. In de daaropvolgende jaren wemelde het in
Zwolle van de ingenieurs, landmeters, ambachtslieden en
grondwerkers. Ze legden de twaalf bastions rond de stad aan en
zorgden voor de verbetering van de verdedigingswerken aan de
IJssel. Rond 1619 was dit karwei geklaard.
Voor de doorsnee Zwollenaar was de Tachtigjarige Oorlog een moeilijke periode. Er was voortdurend veel krijgsvolk binnen de stad en dat kostte ook de bevolking handenvol geld. Buiten de stad was het ronduit gevaarlijk door de moordende en rovende soldaten van de elkaar afwisselende staatse en Spaanse legers. Met name in de jaren tachtig van de 16de eeuw ging het er heet aan toe. De uit Deventer overgekomen beul maakte bijvoorbeeld op 30 april 1583 op de Grote Markt tien soldaten een kopje kleiner. Om een voorbeeld te stellen werden hun hoofden met ijzeren pinnen op een galg buiten de muren gespijkerd. Door de slechte levensomstandigheden braken regelmatig besmettelijke ziekten uit. Berucht was een pestepidemie tijdens de zomer van 1602, toen de kerkhoven op het Grote Kerkplein, het Bethlehemskerkplein en bij het Broerenklooster uitpuilden.
Maar ondanks alle ellende ging het sociale, economische en culturele leven in Zwolle tijdens de Tachtigjarige Oorlog wanneer het maar even mogelijk was gewoon door. Er werd handel gedreven, er werden schepen gelost en geladen, boeren brachten hun waren naar de markt en er waren bijeenkomsten van de schutterij en de stratenbroederschappen. De beroemde Zwolse schilder Gerard ter Borch groeide in deze tijd op en speelde zelfs nog een rol tijdens het laatste bedrijf van de oorlog. Hij was aanwezig bij de Vrede van Münster op 15 mei 1648 en legde daar de plechtigheden bij de ondertekening van de vrede op een groot schilderij vast.