De vroegste kerkelijke geschiedenis van Enter is in nevelen gehuld. Vanaf circa 1400 zou er een kapel gewijd aan Sint Antonius Abt gestaan hebben. Wellicht dat het raadselachtig riddergeslacht Van Enthere indertijd een dergelijke huiskapel gebouwd heeft. In 1636, aan het einde van de Tachtigjarige Oorlog, lag dit "heilige huisken" er "geruyneert" bij. Of de kapel het slachtoffer was geworden van een Beeldenstorm door de aanhanger van de reformatie is niet bekend. Feit is dat een aanzienlijk deel van de bevolking van Enter meeging met deze kerkhervorming. De classis van Deventer, die alle vormen van het "oude geloof" probeerde uit te bannen, constateerde met zorg dat de bedevaart naar de kapel nog steeds in zwang was. De "Baälsdienst" in Enter moest afgeschaft worden. Blijkbaar hielden de katholieken nog geregeld openluchtbijeenkomsten bij de verwoeste kapel. In Enter leek men minder zwaar aan de verschillen te tillen. De protestanten en de katholieken lieten elkaar met rust. De schoolmeester in Enter was in 1640 nog katholiek. Schippers en handelaren zwierven door heel Twente en omstreken en deden zaken met iedereen. In handelsdorp Enter was het dus leven en laten leven.
Protestantse kerk
In 1709 kregen de protestanten na veel moeite een eigen kerk en hoefden niet langer op zondag de tocht naar Rijssen te maken. Zij beriepen zich hierbij op het feit dat er in Enter "altoos een kapel sy geweest". Het nieuwe kerkgebouw kwam op de plaats te staan van deze vroegere kapel. Dominee Marcelli werd de eerste predikant. De pas afgestudeerde geestelijke was door de provincie naar Enter gestuurd. Enter was blijkbaar niet tevreden met de man want de oorspronkelijke financiële beloften werden niet nagekomen en de bouw van de kerk en pastorie verliepen uiterst traag. Hierdoor moest Marcelli een paar jaar in de kost bij een boerenfamilie en preken in een boerenhuis. Dit heeft de verhouding met de kerkgemeente niet bevorderd. Van de kerk zelf, de architectuur en de inrichting is weinig tot niets bekend. Alleen dat voor de bouw ook gebruik is gemaakt van stenen van een afgebroken klooster uit Schüttorf (Duitsland) zgn. "kloostermoppen".
De katholieke gemeenschap
Het katholieke geloof was vanaf de Tachtigjarige Oorlog officieel verboden. Katholieken moesten hun bijeenkomsten in boerenhuizen houden. In Enter was onder meer op het Leyerweert zo'n schuilkerk. Pas na 1½ eeuw, in 1787, kregen de katholieken van Gedeputeerde Staten van Overijssel toestemming een schuurkerk te bouwen, op de hoek van de huidige Werfstraat/Schippersstraat. Het gebouw mocht er vooral niet uitzien als een kerk met een strodak en lage muren. De brandende kaarsen mochten vanaf de buitenkant niet zichtbaar zijn. Vanaf de Franse Tijd gold er vrijheid van godsdienst in Nederland, maar het duurde nog tot 1819 voordat de katholieken in Enter met behulp van een bijdrage van f 5000,‒ van koning Willem I een zogenaamd Waterstaatskerkje konden bouwen. In 1824 werd Enter een zelfstandige parochie. Herman Eenhuis werd de eerste pastoor. Begin 20ste eeuw barstte de katholieke kerk uit zijn voegen. Pastoor Heimerick was de drijvende kracht achter de verzamelacties voor de financiering van het nieuwe kerkgebouw. In 1928 was de consecratie van deze nieuwe kerk.
Afscheidingen
Onder invloed van een behoudende stroming binnen de hervormde kerk, vond in 1840 de oprichting plaats van een afgescheiden gemeente in Enter, het begin van de gereformeerde kerk. De afgescheiden gemeente kerkte eerst in een boerenhuis op de Hogebrink. Op 17 augustus 1851 werd een eigen kerkgebouw aan de Dorpsstraat in gebruik genomen. Op 20 maart 1853 deed de eerste predikant, dominee Coelingh, zijn intrede. In 1927 was dit kerkje te klein geworden en kwam de nieuwe kerk aan de Rijssenseweg in gebruik. De richtingenstrijd binnen de hervormde kerk leidde in 1931 tot een nieuwe afscheiding.
Bij de tienjaarlijkse stemming in de Hervormde kerk werd de kerkenraad een deel van haar bevoegdheden ontnomen. Een groot deel van de kerkenraad trad af en dit leidde later tot de oprichting van de Gereformeerde Gemeente die enige jaren later haar kerkgebouwtje kreeg aan de Dorpsstraat tegenover het voormalige hotel De Adelaar.
