De Reformatie van 1581 veroorzaakte een scheidslijn tussen rooms-katholieke en protestantse inwoners van Heino. Vanaf dat jaar woonden de Heinoërs alleen erediensten bij van hun eigen geloofsrichting en gingen de kinderen naar verschillende scholen. Tot in de 20ste eeuw bepaalde het geloof voor velen de keuze voor een bepaalde winkel, vereniging of instelling.
De Reformatie, ook wel Hervorming genoemd, is een religieuze beweging die in 1517 in een stroomversnelling raakte door toedoen van Maarten Luther, een Duitse augustijner monnik. In dat jaar spijkerde hij een papier met 95 stellingen op de deuren van de kerk van Wittenberg. In deze stellingen ageerde hij tegen allerlei misstanden binnen de rooms-katholieke kerk. Hij wilde de kerk van binnenuit hervormen, maar vond geen gehoor bij de kerkleiders. Een heftige geloofsstrijd in grote delen van Europa was het gevolg. Het vormde voor een deel de inzet van de strijd tijdens de Tachtigjarige Oorlog (1568-1648) tussen de katholieke Spaanse koning Philips II en Willem van Oranje, die uiteindelijk de protestantse kant koos. Door de oorlog werden mensen gedwongen een keus te maken tussen het oude katholieke geloof of het nieuwe protestantse geloof. In veel gevallen werd die keuze door de machthebbers afgedwongen.
Spanjaarden en geuzen (de aanhangers van Oranje) maakten grote delen van de noordelijke Nederlanden onveilig. De machtsposities wisselden voortdurend. In 1580 raasde de Beeldenstorm over Salland. In juni vernielden geuzen het interieur van de Grote of Sint Michaëlskerk in Zwolle. Datzelfde gebeurde volgens de Zwolse pastoor Waeijer in Heino: "Bij de verandering van Staat omtrent het jaer 1580, werden de vrome catholijcken in de kerspels Wije, Raelte en Ter Heijne [Heino] uijt hunnen kercken gedreven, de outaren [altaren] gebroken, kerckplondering, beeldenstormerie gepleeght; de pastoors uijt hunne weemen [pastorieën] ende huijsen geset ende verstoten, ende allerleij leet, spijt en versmaetheijdt aengedaen".
De oude Heinose Sint Nicolaaskerk ging in 1581 over in handen van de hervormden. De Heinose pastoor Judocus was een jaar eerder al vervangen, omdat hij al te fanatiek aan het "Catholijcke gelove" vast bleef houden. Zijn pastorie werd hem ontnomen, maar hij liet zich niet ontmoedigen en preekte staande op een houten bank zowel in de kerk als daarbuiten, omdat hem de preekstoel was verboden. De toehoorders vermaande hij, dat ze nooit het ware katholieke geloof mochten verlaten en daarin moesten volharden. In verband hiermee werd hij gevangen genomen en naar Zwolle gebracht.
Judocus werd vervangen door de meer reformatorische zielenherder Johannes Leijendekker. In september 1581 ging hij met een groot deel van zijn parochie over tot de nieuwe religie. Een ander deel bleef echter gewoon katholiek. Om welke aantallen het gaat is niet bekend. Bovendien maakten velen pas in de loop van de volgende tientallen jaren een definitieve keuze.
Voor beide kampen waren de gevolgen groot. De gereformeerd geworden inwoners zullen ongetwijfeld hebben moeten wennen aan de geheel andere kerkelijke rituelen. Alles wat maar een beetje "paaps" riekte, werd uitgebannen. Bijvoorbeeld het Sint Nicolaasfeest, de viering van de naamdagen van de patroonheiligen en de vastenavondviering. De katholieken werden geconfronteerd met weer heel andere problemen. Zij waren niet alleen hun kerkgebouw kwijtgeraakt , maar ook de vrijheid om erediensten te houden. Bovendien moesten ze zoeken naar nieuwe voorgangers. De enige uitweg was in het geheim bijeen te komen in zogenaamde schuilkerken. Dat waren als kerkgebouw ingerichte huizen of schuren op afgelegen plaatsen in de omgeving.
In de meeste steden en dorpen had de Reformatie ook gevolgen voor het plaatselijk bestuur. De bestuurders moesten het nieuwe geloof aanhangen. In veel gevallen betekende dat een wisseling van de wacht. Of dat ook in Heino het geval is geweest, is niet bekend. Ondanks de heftige tegenstellingen tussen de aanhangers is de Reformatie hier zonder bloedvergieten verlopen.
Vanaf het jaar dat de Reformatie in Heino plaatsvond, was het dorp niet meer de sociale eenheid die het eeuwenlang was geweest. Katholieken en hervormden gingen letterlijk en figuurlijk hun eigen weg. Deze tweedeling van de Heinose gemeenschap bleef tot in de 20ste eeuw in stand. Niet alleen hadden ze hun eigen kerkgebouwen, maar ook een eigen sociaal netwerk, met eigen scholen, winkels en verenigingen.
Zichtbare herinneringen aan de tijd van de Reformatie zijn er in Heino niet meer. Maar juist het ontbreken daarvan is het beste bewijs dat deze heeft plaatsgevonden. Want in de Sint Nicolaaskerk is in 1581 alles verdwenen of vernietigd wat nog naar het oude geloof verwees. Alleen een retabel met een kerstvoorstelling kon worden gered en is nu nog steeds te zien in museum het Catherijneconvent in Utrecht. Het kerkgebouw zelf is in de 19de eeuw vervangen door een ander gebouw. Maar de oude kerktoren heeft alle woelingen overleefd en laat nog steeds op gezette tijden zijn klokken voor de kerkgangers luiden.