In 1676 krijgt de Sint-Jan een nieuw klokkenspel, ook wel ‘beiaard’ genoemd. Het nieuwe klokkenspel is van een bekende beiaardbouwer, Hemony. In de zeventiende eeuw is een mooi klokkenspel, vooral een van Hemony, een prestigieus bezit. Er is namelijk een soort wedstrijd tussen de Nederlandse steden gaande wie het mooiste klokkenspel heeft; en Gouda wil niet achterblijven bij de andere steden.
Vanaf de Middeleeuwen tot ver in de vroegmoderne tijd bepalen de klokken het ritme van de stad. De klokken laten de mensen weten hoe laat het is, maar bijvoorbeeld ook of er gevaar dreigt. De klokken slaan elk kwartier, wat best verwarrend kan zijn. Probeer maar eens elk kwartier te tellen hoe laat het is; je raakt al snel de tel kwijt. In de zestiende eeuw bedenken de mensen hier een oplossing voor: als de klok een heel of een half uur slaat, klinkt er eerst een soort voorslag in de vorm van een melodie. Deze voorslag omvat steeds meer klokken, halverwege de zestiende eeuw al zeven. Uit deze verzameling klokken is het carillon ontstaan. Het klokkenluiden is erg arbeidsintensief. De beiaardier, die de beiaard bedient, moet namelijk elk kwartier de toren opklimmen.
Al snel is daar een oplossing voor: een speeltrommel die automatisch een melodie speelt op vaste tijden. Een speeltrommel is een ingewikkeld mechanisme dat eruit ziet als een grote, ronde cilinder met kleine gaatjes. In die gaten steekt men zogenaamde toonstiften, die allemaal een noot representeren. De toonstiften zijn op een ingenieuze manier verbonden met kleine hamertjes die de klokken aanslaan. Soms verplaatst men de stiften, zodat er weer nieuwe melodieën zijn. Naast de beiaard blijft het carillon, dat met de hand bespeeld wordt, ook bestaan. Het is lange tijd de raak van de organist om het carillon te bespelen. Soms krijgt de stadsbeiaardier de opdracht van het stadsbestuur om speciale liederen te spelen, bijvoorbeeld het credo.
Het is niet zo dat met de komst van het Hemony-klokkenspel de ‘gewone’ luidklokken verdwijnen. Ze zijn overigens onderling duidelijk van elkaar te onderscheiden. De luidklokken hebben een klepel aan de binnenkant, de beiaardklokken aan de buitenkant. De luidklokken hebben ieder hun eigen toon. De inwoners van de stad associëren de klank van de klok met een bepaalde gebeurtenis. Zo is er een klok voor brand, voor als de poort bijna sluit, voor een raadsvergadering, voor het slapengaan en voor als er graan in de stad arriveert. Naast dat de klokken luiden bij situaties die het stadsleven bepalen, luiden de klokken natuurlijk ook bij rouw- en trouwdiensten. Er is een ploeg klokkenluiders in dienst bij de kerk om tijdens dit soort gelegenheden de klokken te luiden. Hoe meer men betaalt, hoe meer klokken er luiden.
Het constante luiden van de klokken bij bepaalde situaties moet de stedelingen een gevoel van veiligheid en onaantastbaarheid hebben gegeven. Lange tijd geloven de Goudenaren dat de klokken magische krachten hebben. Ze zouden bijvoorbeeld bliksem kunnen breken of de pest teniet doen. Dit is natuurlijk niet zo, maar het laat wel zien hoe diep het ritme van de klokken in de zielen van de inwoners van de stad verankerd is. Voor degenen die een huis vlakbij de Sint-Jan hebben, geldt vandaag de dag ongetwijfeld nog hetzelfde.