Als je met je rug naar het Moreau-orgel staat, zie je in het schip aan je rechterhand een aantal donkerbruine borden. Achter de preekstoel, die tussen glas 22 en 23 staat, hangen er nog meer. Op een van deze borden staat de naam Johan den Haen. Hij is een van de zeehelden die in de Sint-Jan begraven ligt. Uit een overeenkomst met de beeldhouwer Rombout Verhulst blijkt dat het ooit het plan was om een grafmonument in marmer te laten maken voor deze zeeheld. Daar is het echter nooit van gekomen. In veel kerken in Nederland, in Delft bijvoorbeeld, vind je marmeren epitafen met daarop de naam en glorieuze daden van zeehelden. In de Sint-Jan is er niet zo’n marmeren monument, maar dat betekent niet dat er geen zeehelden begraven liggen in de kerk.
Den Haen is de zoon van een messenmaker uit Gouda en naar alle waarschijnlijkheid geboren en getogen in de stad. Na de dood van Michiel de Ruyter bij de vulkaan de Etna neemt Den Haen het bevel van de vloot over. Hij weet de gehavende vloot naar een haven in Palermo in Italië te krijgen, maar daar wordt de vloot alsnog overvallen door een Franse vloot. Het wordt Johan den Haen fataal; een kanonskogel schiet zijn achterhoofd eraf. Zijn weduwe koopt in 1677 drie graven in de Sint-Jan. Elf maanden later wordt Johan begraven in de Sint-Jan. Aan hem wordt de hoogst denkbare eer bewezen, bij zijn begrafenis worden alle klokken geluid. De begrafenis van Johan den Haen kost 66 gulden, een behoorlijk bedrag in die tijd. Het rouwbord van Den Haen is sober. Het vermeldt alleen zijn naam en de plaats en datum van overlijden. Waarschijnlijk is het monument er door bemoeienis van de Staten-Generaal nooit gekomen. Johan was een moeilijke man en de overval bij Palermo was niet bepaald roemrijk.
Ook de achttiende-eeuwse zeeheld Roemer Vlacq ligt begraven in de Sint-Jan. Hij overlijdt thuis in zijn huis aan de Turfmarkt 142 aan zijn verwondingen die hij opgelopen heeft in een strijd tegen de Franse vloot bij Toulon. De begrafenis van Roemer Vlacq is de duurste in de geschiedenis van de Sint-Jan. Zijn nabestaanden tellen 181 gulden en 16 stuivers neer voor het eervolle afscheid, zo blijkt uit de kerkrekeningen.
Het graf van Roemer Vlacq, maar waarschijnlijk ook die van Johan den Haen en andere Goudse zeehelden, is vroeger versierd geweest met allerlei attributen die verwijzen naar hun positie en beroep. Zo is bekend dat bij Roemers graf een harnas, een grote vlag, wapenhandschoenen, een degen, een commandostaf, een wapenrok met inscriptie en een paar sporen hebben gelegen. Al met al moet het graf ondanks de afwezigheid van een marmeren grafmonument of epitaaf alsnog een imposante indruk hebben gemaakt.
De versieringen en de borden bij alle zeemansgraven zijn gedurende de Franse tijd in Nederland weggenomen. Vooral de familiewapens hebben het moeten ontgelden. In de negentiende eeuw zijn ook de zeeheldenborden verkocht. Later in die eeuw duiken ze weer op bij een tentoonstelling. Sinds 2006 zijn de zeeheldenborden in langdurige bruikleen afgestaan door Museum Gouda aan de Sint-Jan.
