Na de Reformatie restte de rooms-katholieke Kerk een marginale positie. De overheid begunstigde de Nederduits Gereformeerde kerk; de vrijheid van andere religieuze stromingen werd ernstig beperkt. De roomsen gingen ondergronds. Ze kwamen samen in schuilkerken, op het Leyerweert, bijvoorbeeld. Er bestaat een oud rooms-katholiek doopboek uit de tijd dat iedereen zich moest laten dopen door de predikant. Een dubbele boekhouding, dus. Er waren ook ongeregeldheden: "de pape Lefers" had met een ganzenroer door de "glazen" van de predikant Melchior van Benthem geschoten. Even was er soelaas, toen Bisschop Bernhard van Galen de oostelijke gewesten onveilig maakte. Toen werden de rollen omgedraaid; de predikanten vluchtten, Joannes Swerinck was toen 2 jaar pastoor. In 1678 werd de vrede van Nijmegen gesloten en waren de protestanten weer de baas.
"Papenjager"
De rooms-katholieken kregen het moeilijker toen het drostenambt in handen kwam van Van Heiden Hompesch in Ootmarsum. Dat was een felle "papenjager", die zich veel haat op de hals haalde van de katholieken en van de boeren die drostendiensten moesten verrichten. Zo werd de Rijssense pastoor Theodorus Ensman, broer van Henricus Ensman, pastoor in Oldenzaal, zwaar beboet. Maar de Franse Revolutie bood uitkomst. Er kwam vrijheid en gelijkheid, en och, in Rijssen kon men alle dogmatische verschillen opsommen, maar men bleef gemoedelijk met elkaar omgaan. Ensman werd oud, 91 jaar; hij overleed in 1824.
Waterstaatskerk
Tijdens zijn rondreis door Overijssel in 1809 bepaalde Lodewijk Napoleon, de koning van Holland, dat diverse katholieke gemeenschappen de oude kerk in die plaats terugkregen. Dat gold bijvoorbeeld voor Oldenzaal en Haaksbergen. De katholieken in Rijssen kregen de Schildkerk niet terug, maar wel een subsidie van f 6.000,‒ voor de bouw van een nieuwe kerk. De gemeenschap bouwde een Waterstaatskerk, die zoals in vroeger tijden naar St. Dionysius genoemd werd. De rooms- katholieken uit Enter splitsten zich, ondanks de bezwaren van pastoor Ensman, in deze tijd af. Rijssen moest nu met Rectum, Notter en Ypelo op eigen benen staan.
Neogotische kerk
In 1924 werd de Waterstaatskerk afgebroken en een jaar later werd de huidige Dionysiuskerk feestelijk ingewijd. Deze kerk is in neogotisch stijl gebouwd. Inmiddels had de katholieke gemeenschap steeds meer structuur gekregen: er waren kapelaans gekomen, een eigen begraafplaats. De zusters van Schijndel hadden hun opwachting gemaakt, ter ondersteuning van de kleuter- en meisjesschool, in 1909 kwam er al een Jongensschool, voorts een rooms-katholieke Boerenleenbank, een Henricusgesticht, wijkverpleging, het rk-rusthuis, de Parkstede en het St. Jozefgebouw. Met name pastoor Peters heeft zijn sporen nagelaten: toen hij op hoge leeftijd stierf, was hij 46 jaar verbonden geweest aan de parochie waaraan hij ziel en zaligheid besteed had.
