Toen het christendom in onze contreien vaste voet en structuur had gekregen, moeten ook in Denekamp en de omringende buurschappen de vroegste christengemeenschappen zijn ontstaan. De geschiedenis daarvan is niet bekend. De gelovigen van de buurschap Denekamp waren aanvankelijk, neemt men aan, evenals die van Beuningen aangewezen op de kerk van Oldenzaal. Maar de kerkgang was moeilijk, vooral in de winter wanneer de drassige gronden langs de Dinkel nauwelijks begaanbaar waren. Dat moet een belangrijke reden zijn geweest om waarschijnlijk rond 1200 op een hoger gelegen plaats een houten kerkje of kapel te bouwen. De benodigde grond daarvoor was beschikbaar gesteld door het Stift van Metelen in Duitsland, dat ook in deze streken bezittingen had en daardoor hier nog lange tijd invloed zou hebben in kerkelijke zaken. Het betrof hoogstwaarschijnlijk de grond van een groter erf, de Scholtenhof, waaraan een plaatselijke naam als Scholtenespad en Scholtenerf nog herinnert. Vanaf die tijd kon Denekamp zich tot zelfstandig kerspel of parochie ontwikkelen, waartoe ook Beuningen en Noord Deurningen behoorden en waarvan de oudste vermelding dateert uit 1276.
Bouw kerk
Ongeveer tezelfdertijd, omstreeks 1250, werd begonnen met de
bouw van een bescheiden stenen kerk, die werd toegewijd aan de
heilige Nicolaas. Het voornaamste bouwmateriaal hierbij was
zandsteen uit de steengroeven van Bentheim en Gildehaus. De zware
brokken moesten met de eenvoudigste middelen naar Denekamp worden
vervoerd, over woeste gronden als heidevelden, door bossen en
moerassen. Op de bouwplaats werden ze waarschijnlijk op maat
gekapt. Hoewel deze eenvoudige kerk in de loop der eeuwen nog enige
keren is verbouwd en uitgebreid, is er van het oorspronkelijke
gebouw nog altijd een klein gedeelte over. Althans dat neemt men
aan op grond van bouw- en stijlkenmerken.
Lang heeft men aangenomen dat daarna een eerste uitbreiding is
ontstaan, de westelijke travee, het achterste deel van de kerk dat
aan de toren grenst. Volgens de laatste inzichten lijkt het meer
aannemelijk dat de oostelijke en westelijke schiptravee
gelijktijdig met de oude kerk in de 13de eeuw gebouwd zijn. Deze
vroeg romanogotische kerk is in de 15de eeuw gewijzigd. Nieuw
onderzoek van het houtwerk van de toren geeft aan dat deze van
omstreeks 1445 dateert.
Hoewel de toren behoort tot de St. Nicolaaskerk, is ze
tegenwoordig eigendom van de gemeente. De toren heeft drie klokken.
De Mariaklok werd in 1436 gegoten door ene Wilhelm ("wilhelm me
fecit" vermeldt deze klok), de Nicolaas in 1518 en de Salvator, de
grootste, in 1530. De klokkengieter van de beide laatste was Wolter
Westerhues uit Munster. In 1921, bij een afgraving op de
Klokkenberg, zijn de restanten teruggevonden van een gietkuil
waarin mogelijk één van de klokken gegoten is.
De Reformatie
De Reformatie was een stroming die trachtte de misstanden in de
Roomse kerk van binnenuit te bestrijden. De sympathisanten echter
werden door Rome als ketters beschouwd en als zodanig tegemoet
getreden. Een godsdienststrijd was ontstaan. In de Nederlanden viel
deze bovendien samen met de vrijheidsstrijd. De Spaanse
overheersers waren verbeten verdedigers van het katholicisme,
terwijl de opstandelingen tegen hun gezag zich meer en meer
verbonden met de hervormingsbeweging. De Reformatie verbreidde zich
in de tweede helft van de 16de eeuw in de Nederlanden en ook
Denekamp kreeg ermee te maken. De wisselende militaire successen
van de Spaanse ("paapse") of staatse (protestantse) legers
bepaalden in grote mate welke godsdienstige richting in het dorp de
overhand kreeg. Dat wisselde in Denekamp enkele keren. Maar de
situatie veranderde in de 17de eeuw steeds meer ten nadele van de
roomsen. Er werden hun steeds meer beperkingen opgelegd. Het
kerkgebouw kwam in handen van de kleine gereformeerde gemeenschap
(1635) en de roomse godsdienst werd uit het openbare leven
verbannen. De gelovigen konden alleen op geheime plaatsen, het erve
Weerink aan de Brandlichterweg of over de Duitse grens, hun
erediensten houden en de sacramenten ontvangen.
Een belangrijke rol speelden in deze moeilijke jaren de klopjes
("klöpkes"): vrome, ongehuwde vrouwen, die veel praktisch werk
verrichtten voor de roomse gemeenschap, zoals het onderhouden van
de communicatie (waarschuwingen!) of het godsdienstonderricht. Vaak
hadden ze een eigen woninkje, het klöpkeshoes.
Uiteindelijk werd het de katholieke gemeenschap van Denekamp
toegestaan een eigen "Kerckhuys buyten het dorp" te bouwen. Baron
van Raet, heer van de havezate Bögelscamp, stelde in 1770 de nodige
grond beschikbaar (aan wat thans de Wilhelminastraat heet) en de
gelovigen zelf de benodigde financiën. Deze noodkerk zou tot aan
1810 dienst doen. In dat jaar kregen de katholieken bij koninklijk
besluit van koning Lodewijk Napoleon de Nicolaaskerk terug. Met de
nodige bouwkundige veranderingen is het kerkgebouw tot op heden
door de rooms-katholieke parochiegemeenschap in gebruik.